57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4803 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  100 
 
 		 128 aa  255  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  59.35 
 
 		 127 aa  151  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  59.68 
 
 		 126 aa  150  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  55.2 
 
 		 125 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  56 
 
 		 123 aa  143  8.000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  51.61 
 
 		 123 aa  135  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5485  transcription regulator  52.99 
 
 		 119 aa  135  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.184827 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  50.85 
 
 		 121 aa  134  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1391  hypothetical protein  55.08 
 
 		 127 aa  133  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0149629  normal  0.0177831 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  54.31 
 
 		 126 aa  129  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  54.31 
 
 		 126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  56.78 
 
 		 125 aa  127  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.97 
 
 		 124 aa  124  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  47.46 
 
 		 118 aa  117  7.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  52.54 
 
 		 126 aa  116  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  47.01 
 
 		 125 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 125 aa  114  5e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  48.31 
 
 		 119 aa  112  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5232  putative transcription regulator with HTH domain protein  53.39 
 
 		 117 aa  113  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.734173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  47.46 
 
 		 126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  47.9 
 
 		 120 aa  107  8.000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 118 aa  106  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  42.86 
 
 		 401 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  47.2 
 
 		 125 aa  105  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  46.08 
 
 		 125 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 123 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  40.2 
 
 		 141 aa  92  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2482  transcription regulator  44.44 
 
 		 127 aa  88.6  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  38.4 
 
 		 152 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4242  XRE family transcriptional regulator  43.65 
 
 		 125 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.022655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 134 aa  86.7  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1148  hypothetical protein  37.61 
 
 		 140 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  40.4 
 
 		 137 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  36.07 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 409 aa  77.8  0.00000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 124 aa  63.5  0.0000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4978  hypothetical protein  51.02 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  33.05 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2845  hypothetical protein  51.92 
 
 		 52 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  25.64 
 
 		 148 aa  50.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  32.14 
 
 		 126 aa  49.7  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  36.36 
 
 		 140 aa  47.8  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  36.36 
 
 		 140 aa  47  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  36.71 
 
 		 135 aa  46.2  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2124  putative transcription regulator with HTH domain  38.78 
 
 		 56 aa  45.4  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.689275  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  50 
 
 		 334 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3645  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 143 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  26.67 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  31.19 
 
 		 155 aa  42.7  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  26.67 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  26.67 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2591  putative transcription regulator with HTH domain  31.08 
 
 		 132 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0900  putative transcription regulator with HTH domain  28.42 
 
 		 123 aa  42  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1331  hypothetical protein  35.19 
 
 		 80 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>