46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_2944 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_2944  transcription regulator  100 
 
 		 155 aa  318  1.9999999999999998e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3003  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  48.28 
 
 		 139 aa  103  6e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0294  helix-turn-helix domain-containing protein  44.54 
 
 		 139 aa  98.2  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.21078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1264  helix-turn-helix domain protein  45.38 
 
 		 139 aa  97.4  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0619  putative transcription regulator with HTH domain  38.02 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0618  helix-turn-helix domain-containing protein  38.02 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02901  hypothetical protein  38.02 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3549  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.02 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02951  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.02 
 
 		 138 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3264  helix-turn-helix DNA-binding domain-containing protein  38.02 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3518  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  37.19 
 
 		 138 aa  89  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4396  helix-turn-helix DNA-binding domain protein  38.02 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  35.62 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  35.62 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  35.62 
 
 		 142 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  35.62 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  35.62 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0408  transcriptional regulator, XRE family  36.44 
 
 		 138 aa  83.6  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.416519  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0384  hypothetical protein  44.55 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0231011  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0071  hypothetical protein  33.87 
 
 		 138 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.0908628  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  32.23 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2906  putative DNA-binding protein  30.77 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  31.4 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0455  putative transcription regulator with HTH domain protein  35.16 
 
 		 115 aa  58.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.393695  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17260  hypothetical protein  30.3 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31880  hypothetical protein  50.98 
 
 		 67 aa  57.4  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0775  helix-turn-helix domain protein  36.75 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0775  putative transcription regulator with HTH domain  30.3 
 
 		 135 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.839822  normal  0.091896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31920  transcritional regulatior protein  34.48 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 126 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4949  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 121 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.827096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2534  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM- like  27.59 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.431623  normal  0.111062 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  32.79 
 
 		 409 aa  51.6  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  30.58 
 
 		 126 aa  50.8  0.000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1712  putative HTH-type transcriptional regulator,YgjM-like protein  27.59 
 
 		 140 aa  50.8  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 148 aa  49.7  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  31.97 
 
 		 125 aa  48.9  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  32.23 
 
 		 125 aa  49.3  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  31.97 
 
 		 126 aa  47.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0265  putative HTH-type transcriptional regulator ygjM  30.17 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  34.17 
 
 		 123 aa  46.2  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2391  putative transcription regulator with HTH domain  27.87 
 
 		 127 aa  45.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  31.9 
 
 		 123 aa  45.4  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4862  helix-turn-helix domain-containing protein  30.17 
 
 		 124 aa  43.9  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4803  hypothetical protein  31.19 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.801839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1847  putative transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 118 aa  41.2  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>