28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4146 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4146  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 145 aa  297  3e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.416427 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  46.46 
 
 		 148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0815  XRE family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 123 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0785237  hitchhiker  0.00186138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1615  putative transcription regulator with HTH domain  26.61 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.914841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5282  transcriptional regulator, XRE family  30.71 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3482  hypothetical protein  35.48 
 
 		 141 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0755  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 132 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3283  hypothetical protein  36.56 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7326  putative transcription regulator with HTH domain protein  29.41 
 
 		 125 aa  54.3  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56855  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  25.42 
 
 		 126 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_011760  Mchl_5739  hypothetical protein  31.82 
 
 		 137 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0726  putative transcription regulator with HTH domain  32.46 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4241  Sea41  27.27 
 
 		 142 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4419  hypothetical protein  27.27 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0395742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4263  Sea41  27.27 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4354  hypothetical protein  27.27 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4308  hypothetical protein  27.27 
 
 		 142 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.28377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0265  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 125 aa  47.8  0.00005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.153911  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  24.78 
 
 		 125 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5530  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 131 aa  47.4  0.00008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000125381  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3905  putative transcription regulator with HTH domain  21.85 
 
 		 126 aa  46.2  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  31.82 
 
 		 401 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04055  Helix-turn-helix motif  32.2 
 
 		 123 aa  44.7  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1284  hypothetical protein  31.45 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.520317  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2141  hypothetical protein  28.43 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00270384 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  27.97 
 
 		 125 aa  42  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  32.35 
 
 		 123 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  22.13 
 
 		 126 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>