20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1597 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1597  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 126 aa  253  7e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1701  helix-turn-helix domain-containing protein  99.21 
 
 		 126 aa  251  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000854587  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2132  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0318081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3932  helix-turn-helix domain-containing protein  30.33 
 
 		 125 aa  57.8  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0231  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0167624 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4425  transcriptional regulator, XRE family  32.03 
 
 		 134 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3978  transcriptional regulator, XRE family  28.1 
 
 		 125 aa  51.2  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0593774  normal  0.384294 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2087  putative transcription regulator with HTH domain protein  28.23 
 
 		 124 aa  51.6  0.000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.850866  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2787  hypothetical protein  29.57 
 
 		 123 aa  49.3  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000457023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  29.6 
 
 		 409 aa  47  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3111  XRE family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 124 aa  46.6  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2129  transcription regulator containing HTH  24.8 
 
 		 126 aa  44.3  0.0007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6762  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 148 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.948103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3236  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.58 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.390775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0642  hypothetical protein  45.24 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000446232  normal  0.460246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1533  transcription regulator  24 
 
 		 126 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4295  hypothetical protein  23.14 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4918  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.86 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2823  putative plasmid maintenance system antidote protein  36.17 
 
 		 167 aa  40.8  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2868  hypothetical protein  36.36 
 
 		 77 aa  40.4  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.108097  normal  0.596678 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>