124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_6257 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 351 aa  663    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  50.83 
 
 		 394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 372 aa  235  7e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  42.72 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  42.63 
 
 		 404 aa  182  9.000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 372 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  37.96 
 
 		 355 aa  152  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  32.71 
 
 		 372 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  36.63 
 
 		 356 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  34.42 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  31.1 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  34.93 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  31.35 
 
 		 400 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 346 aa  130  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  31.38 
 
 		 395 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  33.83 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  29.94 
 
 		 370 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  31.58 
 
 		 347 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  29.13 
 
 		 376 aa  115  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  34.72 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  34.01 
 
 		 349 aa  110  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  29.72 
 
 		 367 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  30.42 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 		 367 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  30.66 
 
 		 354 aa  105  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  27.88 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  29.54 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  23.37 
 
 		 399 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.67 
 
 		 342 aa  104  3e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  32.09 
 
 		 401 aa  98.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  31.36 
 
 		 359 aa  96.7  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.35 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  27.73 
 
 		 356 aa  95.5  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  28.53 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  30.94 
 
 		 352 aa  89.7  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 366 aa  87.8  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  25.08 
 
 		 391 aa  87.4  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  25.08 
 
 		 391 aa  87.4  4e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  27.7 
 
 		 347 aa  84.3  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  31.39 
 
 		 416 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.39 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  29.01 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  30.18 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  21.56 
 
 		 386 aa  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  29.39 
 
 		 370 aa  63.2  0.000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  29.23 
 
 		 414 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  29.23 
 
 		 414 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  29.23 
 
 		 414 aa  62.8  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  21.92 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  24.3 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  29.05 
 
 		 375 aa  60.5  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  34.21 
 
 		 382 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  27.39 
 
 		 347 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  33.16 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  26.18 
 
 		 385 aa  54.3  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  23.96 
 
 		 355 aa  54.3  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  28.67 
 
 		 251 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 370 aa  53.5  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  27.3 
 
 		 386 aa  52.4  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 400 aa  50.4  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 137 aa  50.1  0.00005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 175 aa  49.3  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3164  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 83 aa  48.9  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0375363 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  20.23 
 
 		 388 aa  48.9  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2477  protein of unknown function DUF955  27.27 
 
 		 384 aa  48.1  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 139 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  32.95 
 
 		 181 aa  47.4  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1586  protein of unknown function DUF955  44.83 
 
 		 129 aa  47  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.764217  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4126  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 84 aa  46.2  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0147  hypothetical protein  34.67 
 
 		 234 aa  45.8  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 128 aa  46.2  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  27.85 
 
 		 137 aa  45.8  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 135 aa  45.4  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  38.33 
 
 		 131 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3389  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 83 aa  45.8  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14531  normal  0.0634839 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2705  protein of unknown function DUF955  31.29 
 
 		 186 aa  45.4  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000214852  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  37.29 
 
 		 147 aa  45.4  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  36.67 
 
 		 144 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  31.82 
 
 		 181 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3425  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 86 aa  45.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0260423  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1531  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 189 aa  45.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000256618  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2140  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 196 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 252 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 129 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  27.27 
 
 		 410 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 163 aa  45.1  0.002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 137 aa  44.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00000314405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 396 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 137 aa  44.7  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  28.99 
 
 		 263 aa  44.7  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 129 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  29.03 
 
 		 283 aa  44.3  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 138 aa  44.7  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>