80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3976 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  100 
 
 		 355 aa  719    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  54.93 
 
 		 355 aa  394  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  50.28 
 
 		 354 aa  360  1e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  50.29 
 
 		 356 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  49.56 
 
 		 357 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  48.64 
 
 		 372 aa  322  5e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  45.18 
 
 		 366 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  45.18 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  38.82 
 
 		 350 aa  226  4e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  37.29 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  34.6 
 
 		 404 aa  161  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  35.33 
 
 		 394 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.62 
 
 		 399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  29.59 
 
 		 372 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  30.79 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  29.01 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  30.71 
 
 		 376 aa  120  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  29.05 
 
 		 370 aa  116  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  28.7 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  29.23 
 
 		 383 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  28.98 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  28.48 
 
 		 365 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  29.88 
 
 		 346 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  34.93 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  30.98 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  31.42 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  29.76 
 
 		 401 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  26.97 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  24.27 
 
 		 391 aa  97.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  24.27 
 
 		 391 aa  97.1  4e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  26.4 
 
 		 367 aa  95.9  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  26.02 
 
 		 367 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.86 
 
 		 349 aa  94  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.16 
 
 		 355 aa  94  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  34.28 
 
 		 372 aa  93.6  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  30.33 
 
 		 362 aa  92  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 367 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  28.88 
 
 		 366 aa  85.5  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.12 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  24.32 
 
 		 416 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.88 
 
 		 370 aa  73.6  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  25.8 
 
 		 347 aa  73.2  0.000000000007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  27.08 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  27.08 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  27.08 
 
 		 414 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  24.51 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  27.51 
 
 		 355 aa  63.5  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  24.54 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  22.22 
 
 		 348 aa  59.3  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  23.89 
 
 		 386 aa  57  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  31.48 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  27.07 
 
 		 273 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  25.74 
 
 		 382 aa  53.9  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  26.67 
 
 		 286 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  24.06 
 
 		 347 aa  51.6  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  23.72 
 
 		 382 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2477  protein of unknown function DUF955  25.19 
 
 		 384 aa  50.1  0.00006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.204932  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.77 
 
 		 383 aa  50.1  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  29.22 
 
 		 169 aa  49.3  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  29.84 
 
 		 173 aa  48.5  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 198 aa  48.5  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  36 
 
 		 270 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  23.98 
 
 		 378 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 210 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2248  hypothetical protein  24.91 
 
 		 356 aa  47  0.0005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0302018  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  27.73 
 
 		 272 aa  45.8  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  27.94 
 
 		 182 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  27.11 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  39.06 
 
 		 180 aa  44.7  0.002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1505  hypothetical protein  25.42 
 
 		 383 aa  44.3  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1693  XRE family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 289 aa  44.7  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0267924  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2374  hypothetical protein  30.85 
 
 		 289 aa  43.9  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.126111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5156  hypothetical protein  35.56 
 
 		 292 aa  43.9  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.40571  normal  0.261763 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  24.46 
 
 		 410 aa  43.5  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  26.42 
 
 		 415 aa  43.5  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  30.32 
 
 		 156 aa  43.9  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  28.24 
 
 		 375 aa  43.1  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  25.7 
 
 		 386 aa  43.1  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  40.28 
 
 		 117 aa  42.7  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 211 aa  42.7  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>