167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1951 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 367 aa  754    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  93.19 
 
 		 367 aa  708    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  96.63 
 
 		 367 aa  712    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  48.71 
 
 		 355 aa  331  1e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  47.91 
 
 		 359 aa  306  3e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  43.36 
 
 		 342 aa  243  3e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  43.02 
 
 		 352 aa  234  2.0000000000000002e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  37.97 
 
 		 347 aa  216  7e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  41.62 
 
 		 349 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 356 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  36.49 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  35.34 
 
 		 393 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  30.51 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  30.2 
 
 		 363 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.63 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  29.12 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 346 aa  125  1e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  29.25 
 
 		 355 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  30.55 
 
 		 366 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  28.84 
 
 		 366 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  31.03 
 
 		 372 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  29.94 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  27.89 
 
 		 395 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  28.35 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  29.03 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  30.25 
 
 		 356 aa  110  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  26.38 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  30.65 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  27.9 
 
 		 372 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  28.37 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  29.17 
 
 		 401 aa  102  9e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  27.81 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  27.21 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.07 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  27.72 
 
 		 354 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  27.71 
 
 		 365 aa  97.1  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  27.45 
 
 		 352 aa  96.3  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  26.4 
 
 		 355 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 		 355 aa  94.7  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.57 
 
 		 370 aa  93.2  7e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  28.98 
 
 		 400 aa  92.8  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  26.16 
 
 		 362 aa  90.1  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  29.37 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  27.38 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 372 aa  80.5  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 370 aa  79.7  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.12 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  24.92 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  24.92 
 
 		 391 aa  78.2  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  26.13 
 
 		 378 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  27.95 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  23.51 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  24.12 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  25.32 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  26.81 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.78 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  23.03 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  24.44 
 
 		 385 aa  57  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  27 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  27.22 
 
 		 257 aa  56.2  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  28.67 
 
 		 174 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  24.76 
 
 		 392 aa  55.1  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 396 aa  54.7  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1309  hypothetical protein  27.71 
 
 		 284 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.584713  normal  0.697402 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  30.77 
 
 		 377 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  31.36 
 
 		 169 aa  53.1  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  24.6 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  24.25 
 
 		 399 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  36.27 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  26.54 
 
 		 294 aa  51.2  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0537  hypothetical protein  24.1 
 
 		 419 aa  50.8  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  27.38 
 
 		 255 aa  50.4  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  28.69 
 
 		 182 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  20.19 
 
 		 388 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  24.31 
 
 		 386 aa  50.1  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 119 aa  49.7  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 400 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  26.34 
 
 		 416 aa  49.3  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  24.77 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1505  hypothetical protein  26.47 
 
 		 383 aa  48.5  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  37.7 
 
 		 229 aa  48.1  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  37.7 
 
 		 229 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  25.47 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 359 aa  47.8  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  33.68 
 
 		 283 aa  47.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  26.8 
 
 		 173 aa  47.4  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37310  hypothetical protein  35.37 
 
 		 302 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2482  protein of unknown function DUF955  29.17 
 
 		 383 aa  47  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  43.33 
 
 		 188 aa  47  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 140 aa  47  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 188 aa  46.6  0.0006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  32.73 
 
 		 131 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  32.79 
 
 		 134 aa  46.6  0.0007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 120 aa  46.6  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  0.00000234075 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 128 aa  46.2  0.0008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 135 aa  46.6  0.0008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 380 aa  46.6  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 180 aa  46.2  0.0009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 180 aa  46.2  0.0009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>