51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1934 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  100 
 
 		 386 aa  773    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 396 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  31.66 
 
 		 410 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  28.61 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 410 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 355 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  26.96 
 
 		 356 aa  63.5  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  31.12 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  24.76 
 
 		 347 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  28.78 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  25.84 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 		 356 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  25.21 
 
 		 352 aa  58.9  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  21.79 
 
 		 347 aa  59.7  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  23.64 
 
 		 386 aa  57.8  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  23 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  25.42 
 
 		 357 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  21.86 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  33.06 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  28.57 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  22.07 
 
 		 388 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  24.24 
 
 		 342 aa  53.9  0.000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  22.74 
 
 		 355 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  25.61 
 
 		 346 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  24.85 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  25.5 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  25.17 
 
 		 394 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  24.48 
 
 		 367 aa  50.1  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 106 aa  50.1  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  24.84 
 
 		 376 aa  49.3  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  25.28 
 
 		 286 aa  49.3  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  23.68 
 
 		 366 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  23.79 
 
 		 367 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  23.79 
 
 		 367 aa  48.5  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  24.82 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  30.13 
 
 		 349 aa  47.4  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2247  protein of unknown function DUF955  25.64 
 
 		 251 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026086 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  26.67 
 
 		 404 aa  47  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  28.85 
 
 		 360 aa  46.6  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  23.73 
 
 		 372 aa  46.2  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1921  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 78 aa  46.2  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.339052  normal  0.010603 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  26.77 
 
 		 147 aa  45.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  29.56 
 
 		 174 aa  45.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  27.34 
 
 		 359 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  25 
 
 		 400 aa  44.3  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  31.58 
 
 		 378 aa  43.9  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4067  helix-turn-helix domain-containing protein  40.85 
 
 		 125 aa  43.5  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.563451 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  25.7 
 
 		 355 aa  43.1  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  40.68 
 
 		 112 aa  42.7  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  28.37 
 
 		 362 aa  42.7  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>