90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3355 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  100 
 
 		 354 aa  718    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  51.92 
 
 		 355 aa  363  3e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  50.28 
 
 		 355 aa  360  1e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  51.99 
 
 		 357 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  46.28 
 
 		 395 aa  318  7.999999999999999e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  44 
 
 		 372 aa  298  8e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  44.38 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  46.9 
 
 		 366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  40.41 
 
 		 350 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 372 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  32.08 
 
 		 399 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  33.44 
 
 		 372 aa  136  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  29.24 
 
 		 404 aa  135  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  28.99 
 
 		 365 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  29.64 
 
 		 376 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  28.57 
 
 		 394 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  29.49 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  32.67 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.58 
 
 		 352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  29.93 
 
 		 383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  28.2 
 
 		 356 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  30.2 
 
 		 370 aa  106  5e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  29.9 
 
 		 352 aa  106  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 346 aa  106  6e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  26.51 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  26.51 
 
 		 391 aa  104  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  27.38 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.93 
 
 		 349 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  28.52 
 
 		 342 aa  102  7e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  27.72 
 
 		 367 aa  100  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.39 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  27.72 
 
 		 367 aa  98.2  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.13 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.05 
 
 		 362 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  30.18 
 
 		 401 aa  92.8  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.14 
 
 		 355 aa  92.8  8e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  32.16 
 
 		 372 aa  92.8  9e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  28.27 
 
 		 366 aa  89.4  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  30.66 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  27.84 
 
 		 416 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 387 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  27.54 
 
 		 393 aa  78.6  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  25.38 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  25.54 
 
 		 348 aa  72.4  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  26.54 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  28.92 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  27.3 
 
 		 414 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  27.3 
 
 		 414 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  27.3 
 
 		 414 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  24.17 
 
 		 382 aa  61.6  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  23.62 
 
 		 382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 396 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  25.84 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  25.53 
 
 		 347 aa  59.7  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  26.18 
 
 		 347 aa  59.3  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  27.93 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  24.46 
 
 		 363 aa  57.4  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  25.49 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  25.09 
 
 		 375 aa  55.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 410 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2466  protein of unknown function DUF955  24.12 
 
 		 257 aa  53.5  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000413379  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 370 aa  53.5  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 211 aa  52  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  31.58 
 
 		 173 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3288  hypothetical protein  36 
 
 		 169 aa  48.9  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0186314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  30.26 
 
 		 156 aa  47.4  0.0004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  32 
 
 		 294 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0537  hypothetical protein  26.42 
 
 		 419 aa  47  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  28.57 
 
 		 269 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  28.68 
 
 		 182 aa  46.6  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1409  protein of unknown function DUF955  29.33 
 
 		 383 aa  46.2  0.0008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  24.57 
 
 		 399 aa  46.2  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  25.8 
 
 		 283 aa  45.4  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0226  hypothetical protein  34.62 
 
 		 174 aa  44.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1747  protein of unknown function DUF955  20.76 
 
 		 381 aa  44.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124074  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 68 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  27.42 
 
 		 410 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0455  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 214 aa  44.3  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000298649 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1546  hypothetical protein  32.67 
 
 		 277 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.799825 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2109  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 252 aa  44.3  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.204177  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  24.21 
 
 		 255 aa  43.5  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03130  predicted Zn peptidase  26.87 
 
 		 387 aa  43.9  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.105125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0678  protein of unknown function DUF955  30.12 
 
 		 147 aa  43.9  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2203  hypothetical protein  33.33 
 
 		 282 aa  43.5  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655138  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 400 aa  43.5  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3552  hypothetical protein  27.12 
 
 		 385 aa  42.7  0.01  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 117 aa  42.7  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>