50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0265 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 400 aa  806    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 396 aa  421  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  32.25 
 
 		 386 aa  179  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  33.15 
 
 		 399 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  32.82 
 
 		 410 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 410 aa  96.7  6e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  30.04 
 
 		 355 aa  92  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.65 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  26.53 
 
 		 388 aa  76.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.22 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2671  protein of unknown function DUF955  33.74 
 
 		 255 aa  67.4  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000321353  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  24.5 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  27.78 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0527  hypothetical protein  29.53 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  22.68 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  30.14 
 
 		 386 aa  59.7  0.00000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  26.14 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  28.1 
 
 		 366 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  26.3 
 
 		 347 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  23.5 
 
 		 377 aa  57  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000000203877  decreased coverage  0.0000849316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  23.2 
 
 		 367 aa  56.2  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  23.96 
 
 		 367 aa  55.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  26.44 
 
 		 372 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  25.06 
 
 		 355 aa  54.7  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  22.88 
 
 		 367 aa  54.3  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 106 aa  53.5  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 370 aa  52.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  26.28 
 
 		 415 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  23.84 
 
 		 359 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  24.56 
 
 		 356 aa  50.4  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  26.23 
 
 		 357 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  25.09 
 
 		 356 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  24.23 
 
 		 383 aa  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  24.4 
 
 		 354 aa  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  27.52 
 
 		 401 aa  47.4  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4250  DNA-binding protein  25.57 
 
 		 378 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.503621  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  25.86 
 
 		 349 aa  47.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 112 aa  47  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  23.79 
 
 		 404 aa  46.6  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 321 aa  46.6  0.0008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  26.95 
 
 		 286 aa  46.6  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  23.55 
 
 		 360 aa  46.6  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2248  hypothetical protein  27.03 
 
 		 356 aa  45.8  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0302018  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  23.37 
 
 		 393 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25.93 
 
 		 350 aa  44.7  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  23.62 
 
 		 468 aa  44.3  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0936  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 119 aa  44.3  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  27 
 
 		 351 aa  43.5  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  25.58 
 
 		 372 aa  43.5  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 122 aa  43.1  0.01  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>