42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4169 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 363 aa  746    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  33.99 
 
 		 356 aa  194  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.69 
 
 		 352 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  30.2 
 
 		 367 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  30.06 
 
 		 367 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.38 
 
 		 367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  27.27 
 
 		 355 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  28.11 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  28.36 
 
 		 347 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  26.21 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  27.62 
 
 		 349 aa  99.8  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  25.89 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  23.88 
 
 		 359 aa  87  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  24.14 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  25.57 
 
 		 366 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  25.75 
 
 		 370 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  22.82 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  26.37 
 
 		 355 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  24.51 
 
 		 355 aa  64.7  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  24.1 
 
 		 394 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  22.62 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  26.09 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  22.65 
 
 		 376 aa  59.3  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  27.59 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  24.46 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  22.74 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  24.51 
 
 		 383 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  21.69 
 
 		 348 aa  53.1  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  22.41 
 
 		 273 aa  52.4  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  21.69 
 
 		 365 aa  50.8  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  24.23 
 
 		 386 aa  50.4  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  22.22 
 
 		 360 aa  49.3  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  26.22 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 350 aa  47.8  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  21.99 
 
 		 399 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3885  hypothetical protein  22.94 
 
 		 375 aa  47  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0992506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  23.17 
 
 		 366 aa  46.2  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  24.38 
 
 		 351 aa  44.3  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 187 aa  44.3  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  23.48 
 
 		 362 aa  43.9  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 410 aa  43.9  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.51 
 
 		 383 aa  43.5  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>