127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3170 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  100 
 
 
376 aa  771    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.31 
 
 
383 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.48 
 
 
358 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.94 
 
 
361 aa  180  4.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  31.94 
 
 
371 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.85 
 
 
369 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.66 
 
 
373 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.13 
 
 
371 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  30.19 
 
 
386 aa  134  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  27.37 
 
 
380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.9 
 
 
350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.73 
 
 
385 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.74 
 
 
368 aa  129  7.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.24 
 
 
363 aa  127  3e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  24.51 
 
 
368 aa  125  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.92 
 
 
360 aa  112  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.78 
 
 
362 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.53 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  26.65 
 
 
360 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 
409 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  29.08 
 
 
425 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.21 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  25.14 
 
 
401 aa  87.8  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  27.68 
 
 
368 aa  87  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20190  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.4 
 
 
228 aa  75.9  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  31.08 
 
 
289 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2261  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.93 
 
 
76 aa  70.1  0.00000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000446898  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  35.17 
 
 
422 aa  68.9  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  23.71 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3068  plasmid maintenance system antidote protein  38.67 
 
 
95 aa  62.8  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959159  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.38 
 
 
110 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1543  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  47.69 
 
 
118 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.167279 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.84 
 
 
95 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0947  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.93 
 
 
106 aa  61.6  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0750  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  43.84 
 
 
117 aa  61.2  0.00000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.236771  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0768  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.25 
 
 
100 aa  60.1  0.00000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1105  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.11 
 
 
105 aa  60.1  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912318  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0412  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.18 
 
 
100 aa  60.1  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0579  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.18 
 
 
101 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4027  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.19 
 
 
101 aa  59.3  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1672  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.85 
 
 
108 aa  58.9  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2447  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.62 
 
 
128 aa  59.3  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.56382  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3243  plasmid maintenance system antidote protein  42.25 
 
 
102 aa  58.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0211861  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2430  plasmid maintenance system antidote protein  42.03 
 
 
108 aa  58.5  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.216096  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0019  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.59 
 
 
98 aa  58.2  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191318  normal  0.0141037 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2031  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.08 
 
 
106 aa  58.9  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.65469  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03903  addiction module antidote protein, HigA family  40.85 
 
 
96 aa  57.4  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2927  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.06 
 
 
97 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225345  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1906  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.51 
 
 
100 aa  57.4  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000136892  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3001  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.71 
 
 
100 aa  57  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.770477 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4148  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36 
 
 
101 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287171  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4141  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36 
 
 
101 aa  56.6  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267642  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3311  plasmid maintenance system antidote protein  39.71 
 
 
111 aa  56.2  0.0000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4828  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36 
 
 
101 aa  56.2  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01435  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.58 
 
 
120 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01447  hypothetical protein  31.58 
 
 
120 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.753022  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1982  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.03 
 
 
116 aa  55.1  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.610111  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1093  hypothetical protein  39.29 
 
 
107 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3187  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.03 
 
 
94 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0487579  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4756  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.36 
 
 
100 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1216  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.46 
 
 
101 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2170  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.266724  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1562  addiction module antidote protein  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1659  addiction module antidote protein  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2180  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.999071  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1697  addiction module antidote protein  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.920473  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1740  addiction module antidote protein, HigA family  31.58 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.368154  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2089  addiction module antidote protein, HigA family  32.86 
 
 
94 aa  53.9  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2896  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 
95 aa  53.5  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0834  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.78 
 
 
102 aa  52.4  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.625913  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0431  hypothetical protein  37.21 
 
 
108 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202991  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2693  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  37.84 
 
 
92 aa  52.4  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1123  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.73 
 
 
109 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000109926  normal  0.590059 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0276  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.41 
 
 
102 aa  51.6  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.545625  normal  0.0676813 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2649  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.41 
 
 
102 aa  51.6  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.634453  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0403  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.68 
 
 
99 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1142  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.68 
 
 
99 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.570352  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0417  XRE family transcriptional regulator  37.65 
 
 
104 aa  50.8  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0571  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
107 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1425  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36 
 
 
99 aa  50.8  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1065  plasmid maintenance system antidote protein  34.94 
 
 
101 aa  49.3  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1754  virulence-associated protein, putative  31.71 
 
 
104 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0614542  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1256  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.25 
 
 
103 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0149882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3765  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.51 
 
 
97 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1669  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.25 
 
 
101 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0089  DNA-binding protein, putative  35.9 
 
 
105 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.993479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0091  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.9 
 
 
105 aa  49.3  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2972  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.21 
 
 
101 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3198  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.71 
 
 
104 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.562378  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2505  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.72 
 
 
103 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000574166  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1407  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29 
 
 
103 aa  47.8  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.117941  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1455  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.11 
 
 
100 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.077029  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2881  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.62 
 
 
96 aa  47.4  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.516447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2894  addiction module antidote protein, HigA family  28.21 
 
 
119 aa  47.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4131  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 
102 aa  47.4  0.0004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0937778  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0533  virulence-associated protein I  34.78 
 
 
103 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.888429  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1669  addiction module antidote protein  34.78 
 
 
101 aa  47.4  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27690  plasmid maintenance system antidote protein  36.99 
 
 
99 aa  47.4  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2106  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.39 
 
 
93 aa  47.4  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2491  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.88 
 
 
96 aa  47  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.289319  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>