134 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1548 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  100 
 
 		 363 aa  756    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  70.8 
 
 		 368 aa  530  1e-149  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.65 
 
 		 368 aa  308  8e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.45 
 
 		 369 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.9 
 
 		 373 aa  266  5e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.61 
 
 		 371 aa  236  4e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  33.99 
 
 		 380 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  33.71 
 
 		 386 aa  206  6e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.9 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  32.78 
 
 		 371 aa  199  7e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.76 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  27.09 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4709  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.78 
 
 		 360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.29865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.32 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0212  hypothetical protein  28.29 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  28.45 
 
 		 367 aa  136  7.000000000000001e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.59 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  26.2 
 
 		 376 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3332  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.06 
 
 		 292 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20190  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.25 
 
 		 228 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3421  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  24.51 
 
 		 383 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.85 
 
 		 361 aa  89  1e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0386  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.375659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4195  putative transcription regulator with HTH domain protein  23.82 
 
 		 401 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1982  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  43.42 
 
 		 116 aa  73.2  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.610111  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0920  hypothetical protein  31.82 
 
 		 345 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.409849  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4510  hypothetical protein  27.83 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2453  helix-turn-helix domain-containing protein  24.79 
 
 		 409 aa  67  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.253954  normal  0.726571 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0814  helix-turn-helix domain-containing protein  28.39 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00469966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.12 
 
 		 334 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119331  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0697  XRE family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 101 aa  61.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1291  XRE family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 98 aa  58.9  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0236  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.13 
 
 		 124 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3241  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.9 
 
 		 95 aa  55.8  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0714927  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4180  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.57 
 
 		 132 aa  55.1  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0412  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.19 
 
 		 100 aa  55.5  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3643  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 95 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0160538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0019  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.15 
 
 		 98 aa  54.3  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191318  normal  0.0141037 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2447  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.11 
 
 		 128 aa  54.3  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.56382  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.62 
 
 		 95 aa  52.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3836  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.37 
 
 		 96 aa  52.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3818  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.49 
 
 		 94 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00442118  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.57 
 
 		 110 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03903  addiction module antidote protein, HigA family  36.25 
 
 		 96 aa  51.6  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0417  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 104 aa  51.2  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42030  antitoxin protein  36.84 
 
 		 95 aa  50.4  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1425  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.49 
 
 		 99 aa  50.8  0.00004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0372  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.68 
 
 		 96 aa  50.1  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1677  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.68 
 
 		 93 aa  49.7  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1105  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.29 
 
 		 105 aa  49.7  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912318  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1728  protein of unknown function DUF955  30.37 
 
 		 331 aa  49.7  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.76235 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1368  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.44 
 
 		 102 aa  49.7  0.00008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1093  hypothetical protein  34.78 
 
 		 107 aa  49.3  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0089  DNA-binding protein, putative  33.33 
 
 		 105 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.993479  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2430  plasmid maintenance system antidote protein  35.71 
 
 		 108 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.216096  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3068  plasmid maintenance system antidote protein  30.67 
 
 		 95 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959159  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2342  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.17 
 
 		 93 aa  48.9  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0579  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.47 
 
 		 101 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4027  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 101 aa  48.9  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0405  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.47 
 
 		 91 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1144  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.47 
 
 		 91 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0361  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.77 
 
 		 91 aa  49.3  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0768  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.88 
 
 		 100 aa  49.3  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0091  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 105 aa  48.9  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2972  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.89 
 
 		 101 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5380  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.77 
 
 		 94 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.031339  hitchhiker  0.000847786 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0750  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  28.75 
 
 		 117 aa  48.5  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.236771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6998  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  37.14 
 
 		 95 aa  48.1  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.337811  normal  0.775047 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0947  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.85 
 
 		 106 aa  48.1  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3001  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.23 
 
 		 100 aa  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.770477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0902  hypothetical protein  35.14 
 
 		 199 aa  47.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27690  plasmid maintenance system antidote protein  32.43 
 
 		 99 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2927  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32 
 
 		 97 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2031  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.27 
 
 		 106 aa  47.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.65469  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2469  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.75 
 
 		 100 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3083  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.75 
 
 		 100 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2889  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.55 
 
 		 104 aa  47.4  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.955801  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2505  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.93 
 
 		 103 aa  47.4  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000574166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3101  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.75 
 
 		 100 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.768418 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4756  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 100 aa  47  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2896  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.08 
 
 		 95 aa  47  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4593  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.38 
 
 		 1370 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.387666  normal  0.556972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3070  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.37 
 
 		 151 aa  47  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2894  addiction module antidote protein, HigA family  32 
 
 		 119 aa  46.6  0.0006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01435  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0921  hypothetical protein  36.71 
 
 		 151 aa  46.6  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 252 aa  46.6  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01447  hypothetical protein  33.33 
 
 		 120 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.753022  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3765  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32 
 
 		 97 aa  46.2  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2564  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32 
 
 		 116 aa  46.6  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.63579  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4678  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.53 
 
 		 98 aa  46.2  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171358  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0415  putative plasmid maintenance system antidote protein VapI  32.88 
 
 		 78 aa  45.8  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0571  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 107 aa  45.8  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2693  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  32.43 
 
 		 92 aa  45.8  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1754  virulence-associated protein, putative  29.73 
 
 		 104 aa  45.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0614542  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3187  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.67 
 
 		 94 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0487579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1672  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.49 
 
 		 108 aa  45.8  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2425  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.5 
 
 		 99 aa  46.2  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674074  normal  0.184436 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0608  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.29 
 
 		 98 aa  45.8  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3616  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.65 
 
 		 100 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.322775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>