125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1982 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1982  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  100 
 
 		 116 aa  237  2.9999999999999997e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.610111  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1951  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  70 
 
 		 368 aa  164  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1194  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  69.81 
 
 		 369 aa  160  5.0000000000000005e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0236  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.55 
 
 		 124 aa  130  5e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1542  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  57.14 
 
 		 373 aa  100  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000135778  unclonable  0.000000000156625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1441  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45.12 
 
 		 371 aa  79  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000771176 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20190  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  44.32 
 
 		 228 aa  78.2  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1808  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  48.81 
 
 		 358 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2492  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.68 
 
 		 368 aa  75.9  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0006  plasmid maintenance system antidote protein  47.22 
 
 		 380 aa  72.4  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0483  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.11 
 
 		 350 aa  72.4  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1548  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  43.42 
 
 		 363 aa  71.6  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03612  Plasmid maintenance system antidote protein  45.12 
 
 		 371 aa  68.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0275  DNA-binding protein  39.42 
 
 		 386 aa  68.2  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5647  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  45.45 
 
 		 362 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0579  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.7 
 
 		 101 aa  60.8  0.000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0750  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.25 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.236771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1016  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.75 
 
 		 385 aa  58.5  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2031  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.03 
 
 		 106 aa  58.5  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.65469  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4027  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.74 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2261  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  42.86 
 
 		 76 aa  57  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000446898  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3070  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.24 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0768  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  41.1 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0947  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.85 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0019  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.89 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191318  normal  0.0141037 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0921  hypothetical protein  39.24 
 
 		 151 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1062  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.36 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000765045 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1105  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.14 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912318  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3170  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.03 
 
 		 376 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.19493  unclonable  0.0000000000000213391 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3424  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40.54 
 
 		 98 aa  53.5  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1079  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.9 
 
 		 361 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1480  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 102 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0221448  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1543  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  43.08 
 
 		 118 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167279 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2972  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  39.73 
 
 		 101 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2564  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.58 
 
 		 116 aa  51.2  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.63579  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1093  hypothetical protein  37.68 
 
 		 107 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3068  plasmid maintenance system antidote protein  34.67 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.959159  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1425  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.52 
 
 		 99 aa  50.4  0.000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4756  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.03 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2786  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.72 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000094081  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3198  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.29 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.562378  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1669  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.49 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2693  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  33.33 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2829  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.13 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0896969  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0533  virulence-associated protein I  33.33 
 
 		 103 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.888429  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1669  addiction module antidote protein  33.33 
 
 		 101 aa  48.5  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1754  virulence-associated protein, putative  33.33 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0614542  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3765  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.34 
 
 		 97 aa  48.1  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1368  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  35.44 
 
 		 102 aa  47.8  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3008  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36 
 
 		 104 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2894  addiction module antidote protein, HigA family  36.23 
 
 		 119 aa  47.8  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.285023  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2896  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.18 
 
 		 95 aa  47.4  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.543418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2764  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.1 
 
 		 95 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.374165  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1256  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.29 
 
 		 103 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0149882 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1407  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.62 
 
 		 103 aa  46.6  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.117941  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1211  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.33 
 
 		 103 aa  46.2  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3243  plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0211861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2430  plasmid maintenance system antidote protein  28.12 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.216096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0412  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.72 
 
 		 100 aa  46.2  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0834  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 102 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.625913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2499  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0881387  normal  0.214118 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2927  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.225345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2019  plasmid maintenance system antidote protein  30.59 
 
 		 99 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1455  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  27.06 
 
 		 100 aa  45.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.077029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1672  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.78 
 
 		 108 aa  45.4  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0431  hypothetical protein  32.5 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0317  hypothetical protein  27.91 
 
 		 360 aa  45.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000502867 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03903  addiction module antidote protein, HigA family  37.68 
 
 		 96 aa  45.4  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.433469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3001  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  37.5 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.770477 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0224  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  33.33 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.657872  normal  0.19652 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2505  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 103 aa  44.7  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000574166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3183  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.88 
 
 		 113 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.171228  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2447  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  25.84 
 
 		 128 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.56382  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4918  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.76 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128758 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0885  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  34.07 
 
 		 102 aa  44.3  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673579  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0522  addiction module antidote protein  33.85 
 
 		 131 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0418  addiction module antidote protein, HigA family  33.85 
 
 		 131 aa  44.3  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3127  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  33.85 
 
 		 131 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.273977  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00434  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.85 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449816  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0417  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 104 aa  43.9  0.0007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00439  hypothetical protein  33.85 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.540311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0560  addiction module antidote protein  33.85 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3225  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  32.88 
 
 		 106 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.114466 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.85 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0484556  unclonable  0.0000000122724 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0576  addiction module antidote protein, HigA family  33.85 
 
 		 131 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01435  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.723657  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3616  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  38.18 
 
 		 100 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.322775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01447  hypothetical protein  33.33 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.753022  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0437  plasmid maintenance system antidote protein  31.88 
 
 		 95 aa  43.5  0.0009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.494996  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2170  plasmid maintenance system antidote protein, XRE family  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.266724  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2763  virulence-associated protein, putative  31.91 
 
 		 100 aa  43.5  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4148  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  29.63 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.287171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0642  hypothetical protein  32.18 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000446232  normal  0.460246 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4131  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  31.94 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0937778  normal  0.0702268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0276  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.21 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.545625  normal  0.0676813 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2649  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  36.21 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.634453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1562  addiction module antidote protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2180  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.999071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1697  addiction module antidote protein  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.920473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1740  addiction module antidote protein, HigA family  33.33 
 
 		 94 aa  43.5  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.368154  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>