242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0281 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0281  modification methylase (cytosine-specific methyltransferase  100 
 
 
520 aa  1082    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2061  DNA-cytosine methyltransferase  44.74 
 
 
511 aa  401  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  44.61 
 
 
535 aa  398  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  43.81 
 
 
502 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  45.86 
 
 
517 aa  385  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4264  DNA-cytosine methyltransferase  44.51 
 
 
508 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 
420 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2562  DNA-cytosine methyltransferase  30.98 
 
 
423 aa  176  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  29.3 
 
 
388 aa  164  4.0000000000000004e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  26.52 
 
 
657 aa  140  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  26.76 
 
 
508 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  26.32 
 
 
652 aa  131  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25.58 
 
 
450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.13 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  23.93 
 
 
474 aa  119  9.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  26.02 
 
 
468 aa  118  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  24.61 
 
 
489 aa  116  1.0000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  24.57 
 
 
689 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  23.63 
 
 
488 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  24.88 
 
 
686 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.65 
 
 
698 aa  113  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.46 
 
 
446 aa  107  5e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  42.14 
 
 
452 aa  107  5e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  26.33 
 
 
406 aa  102  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  24.51 
 
 
361 aa  95.5  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  26.45 
 
 
415 aa  93.2  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  24.68 
 
 
419 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  26.25 
 
 
462 aa  90.1  8e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  44.32 
 
 
500 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  42.27 
 
 
671 aa  86.3  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  39.81 
 
 
501 aa  85.1  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  36.02 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.46 
 
 
405 aa  84.3  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  41.07 
 
 
492 aa  83.6  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  23.75 
 
 
464 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  29.25 
 
 
440 aa  81.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  29.25 
 
 
440 aa  81.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  26.62 
 
 
434 aa  79.3  0.0000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  23.75 
 
 
365 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  32.26 
 
 
313 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  25.49 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 
468 aa  75.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  28.67 
 
 
443 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  26.37 
 
 
421 aa  75.1  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  29.1 
 
 
431 aa  75.1  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.79 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  51.35 
 
 
400 aa  73.2  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  25.45 
 
 
389 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
418 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
418 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  26.48 
 
 
438 aa  71.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  30.99 
 
 
402 aa  70.9  0.00000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  24.48 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  32.14 
 
 
409 aa  70.1  0.00000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.33 
 
 
395 aa  70.1  0.00000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  28.63 
 
 
438 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00245  site-specific DNA-methyltransferase  26.97 
 
 
735 aa  68.6  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.191981  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  27.23 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  26.85 
 
 
424 aa  68.6  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  32.39 
 
 
399 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.33 
 
 
431 aa  67.8  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.35 
 
 
405 aa  67.4  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  26.03 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  50.68 
 
 
309 aa  67  0.0000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  42.86 
 
 
313 aa  67  0.0000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  24.58 
 
 
335 aa  67  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  31.69 
 
 
356 aa  67  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  41.98 
 
 
423 aa  66.6  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.79 
 
 
308 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  41.98 
 
 
423 aa  66.6  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  27.34 
 
 
366 aa  66.6  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
320 aa  66.6  0.000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  28.46 
 
 
446 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  23.8 
 
 
472 aa  65.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  23.26 
 
 
472 aa  65.1  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  23.26 
 
 
472 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  23.26 
 
 
472 aa  64.7  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  50.82 
 
 
319 aa  64.7  0.000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  23.26 
 
 
472 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  23.26 
 
 
472 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  23.26 
 
 
472 aa  64.3  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  36.47 
 
 
465 aa  64.3  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  24.91 
 
 
377 aa  63.9  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  23.89 
 
 
390 aa  63.9  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  33.57 
 
 
414 aa  63.5  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  26.55 
 
 
283 aa  63.5  0.000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.61 
 
 
395 aa  63.5  0.000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  38.38 
 
 
337 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  52.11 
 
 
355 aa  63.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  27.44 
 
 
367 aa  63.2  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0401  C-5 cytosine-specific DNA methylase  42.65 
 
 
520 aa  62  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.428624  hitchhiker  0.000124126 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  45.07 
 
 
342 aa  62.4  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  32.12 
 
 
434 aa  62.4  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  49.18 
 
 
318 aa  62.4  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  42.31 
 
 
368 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  29.66 
 
 
395 aa  61.6  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
361 aa  61.6  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  30.5 
 
 
317 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  24.34 
 
 
362 aa  61.6  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>