More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3927 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 		 500 aa  1030    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  49.8 
 
 		 492 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  47.24 
 
 		 501 aa  430  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  41.12 
 
 		 508 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  30.88 
 
 		 671 aa  191  2e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  30.36 
 
 		 652 aa  173  6.999999999999999e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  29.83 
 
 		 689 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  29.83 
 
 		 686 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  29.83 
 
 		 698 aa  164  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  30.32 
 
 		 657 aa  150  5e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  29.08 
 
 		 452 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  31.31 
 
 		 488 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  29.07 
 
 		 406 aa  147  4.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  28.97 
 
 		 434 aa  145  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  31.75 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  31.75 
 
 		 440 aa  142  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  28.03 
 
 		 389 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.38 
 
 		 395 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.81 
 
 		 431 aa  139  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  29.36 
 
 		 438 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  29.83 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  25.54 
 
 		 468 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.92 
 
 		 431 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.3 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.16 
 
 		 373 aa  119  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  34.52 
 
 		 335 aa  118  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  34 
 
 		 313 aa  116  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.27 
 
 		 375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  33 
 
 		 313 aa  111  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  35.64 
 
 		 418 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  35.64 
 
 		 418 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 468 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  24.27 
 
 		 450 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  34.33 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  34.01 
 
 		 385 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  33.94 
 
 		 308 aa  106  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  34.57 
 
 		 415 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  35.29 
 
 		 283 aa  104  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  35.26 
 
 		 421 aa  103  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.71 
 
 		 357 aa  103  6e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  35.5 
 
 		 361 aa  103  8e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  31.31 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  32.99 
 
 		 443 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  25.94 
 
 		 350 aa  103  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  33.04 
 
 		 417 aa  102  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  33.5 
 
 		 323 aa  101  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  33.02 
 
 		 334 aa  101  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 365 aa  101  3e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  32.13 
 
 		 370 aa  100  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  33.8 
 
 		 405 aa  100  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  38.38 
 
 		 320 aa  100  8e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  32.94 
 
 		 424 aa  99  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  25.62 
 
 		 350 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  30.69 
 
 		 489 aa  98.6  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  29.65 
 
 		 329 aa  97.8  3e-19  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  35.11 
 
 		 365 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 		 412 aa  97.8  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  33.58 
 
 		 434 aa  97.4  5e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  26.2 
 
 		 319 aa  97.4  5e-19  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 		 436 aa  96.7  8e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  28.4 
 
 		 342 aa  96.7  9e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  28.77 
 
 		 361 aa  96.7  9e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  24.73 
 
 		 362 aa  96.3  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.5 
 
 		 328 aa  96.3  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  29.21 
 
 		 324 aa  95.5  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  35.27 
 
 		 440 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  32.67 
 
 		 310 aa  94.7  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.03 
 
 		 415 aa  94  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  33.83 
 
 		 362 aa  93.6  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  28.57 
 
 		 320 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  27.79 
 
 		 340 aa  93.2  1e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 		 423 aa  93.2  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  32.2 
 
 		 381 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  23.23 
 
 		 460 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  23.23 
 
 		 460 aa  92.8  1e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  33.82 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  26.56 
 
 		 416 aa  92  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  30.42 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 		 368 aa  91.7  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 		 313 aa  91.7  3e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 		 423 aa  91.7  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  29.95 
 
 		 325 aa  91.3  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  28.92 
 
 		 318 aa  91.3  4e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  30.93 
 
 		 390 aa  91.3  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 		 727 aa  90.9  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  27.08 
 
 		 377 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  30.05 
 
 		 657 aa  90.9  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  31.19 
 
 		 311 aa  90.9  5e-17  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  34.76 
 
 		 398 aa  90.5  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  48.19 
 
 		 517 aa  90.5  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  32.02 
 
 		 374 aa  90.5  7e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  27.64 
 
 		 338 aa  90.1  8e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.21 
 
 		 362 aa  89.4  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  40.22 
 
 		 535 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  28.7 
 
 		 379 aa  89.4  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  32.39 
 
 		 371 aa  89.4  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  32.22 
 
 		 319 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  34.16 
 
 		 356 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  31.34 
 
 		 305 aa  89.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  29.03 
 
 		 360 aa  88.6  2e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>