257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3077 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
517 aa  1071    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4264  DNA-cytosine methyltransferase  46.72 
 
 
508 aa  450  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  43.15 
 
 
535 aa  398  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0281  modification methylase (cytosine-specific methyltransferase  45.86 
 
 
520 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  42.12 
 
 
502 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2061  DNA-cytosine methyltransferase  40.34 
 
 
511 aa  350  4e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  30.5 
 
 
420 aa  182  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  29.02 
 
 
388 aa  171  2e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  29.21 
 
 
452 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  27.83 
 
 
508 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  27.27 
 
 
657 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  25.69 
 
 
489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2562  DNA-cytosine methyltransferase  51.35 
 
 
423 aa  131  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  27.09 
 
 
474 aa  124  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  27.29 
 
 
395 aa  123  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25.7 
 
 
450 aa  118  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  27.66 
 
 
488 aa  116  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  25.76 
 
 
689 aa  113  7.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  23.59 
 
 
468 aa  113  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
698 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
686 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  24.33 
 
 
446 aa  104  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  25.49 
 
 
415 aa  93.6  7e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
389 aa  91.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  48.19 
 
 
500 aa  90.5  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  48.89 
 
 
671 aa  89.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  34.81 
 
 
405 aa  89  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  47.25 
 
 
652 aa  86.7  9e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  25.84 
 
 
440 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.87 
 
 
501 aa  83.6  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  23.73 
 
 
464 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  27.3 
 
 
421 aa  82  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1494  DNA-cytosine methyltransferase  25.25 
 
 
423 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.77 
 
 
361 aa  82.4  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  27.76 
 
 
434 aa  80.5  0.00000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  30.5 
 
 
366 aa  80.5  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  33.53 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  52.11 
 
 
492 aa  80.1  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  26.94 
 
 
431 aa  78.6  0.0000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  25.57 
 
 
409 aa  78.6  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  26.32 
 
 
468 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  40.52 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  37.21 
 
 
356 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  37.2 
 
 
406 aa  77  0.0000000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  29.58 
 
 
367 aa  77  0.0000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  23.37 
 
 
460 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0938  DNA-cytosine methyltransferase  30.32 
 
 
355 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  31.17 
 
 
416 aa  75.9  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  23.37 
 
 
460 aa  76.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  30.63 
 
 
402 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  23.27 
 
 
456 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
418 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
418 aa  75.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  27.65 
 
 
328 aa  75.9  0.000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  27.14 
 
 
334 aa  75.1  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  31.14 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  23.66 
 
 
456 aa  74.3  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  27.39 
 
 
349 aa  74.3  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  34.88 
 
 
474 aa  73.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  26.12 
 
 
415 aa  73.9  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  34.93 
 
 
400 aa  73.9  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  26.17 
 
 
362 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  32.34 
 
 
310 aa  72  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  25.86 
 
 
440 aa  72  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  25.86 
 
 
440 aa  72  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  32.92 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  34.75 
 
 
352 aa  71.6  0.00000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  35.04 
 
 
426 aa  72  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  29.3 
 
 
446 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2012  DNA-cytosine methyltransferase  29.13 
 
 
398 aa  71.2  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  29.3 
 
 
417 aa  70.9  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  28.16 
 
 
370 aa  70.9  0.00000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  35.88 
 
 
414 aa  70.5  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  32.85 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  34.11 
 
 
491 aa  69.7  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  35.8 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  26.15 
 
 
398 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  33.54 
 
 
308 aa  68.9  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  30.17 
 
 
443 aa  68.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  26.52 
 
 
419 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.45 
 
 
362 aa  68.6  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
471 aa  68.9  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  28.16 
 
 
373 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  27.31 
 
 
395 aa  68.6  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  26.35 
 
 
361 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  30.52 
 
 
454 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2521  modification methylase DdeI  30.08 
 
 
518 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.62 
 
 
357 aa  68.2  0.0000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  31.21 
 
 
335 aa  68.2  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  34.43 
 
 
335 aa  67.4  0.0000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  38.4 
 
 
283 aa  67  0.0000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  31.21 
 
 
438 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  29.51 
 
 
438 aa  67  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  33.33 
 
 
472 aa  67  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>