More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1143 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  83.86 
 
 
428 aa  719    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
426 aa  883    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  72.05 
 
 
418 aa  622  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  70.49 
 
 
419 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  64.69 
 
 
415 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  58.37 
 
 
436 aa  455  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  53.68 
 
 
417 aa  448  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  58.21 
 
 
417 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  53.74 
 
 
424 aa  431  1e-119  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  54.37 
 
 
487 aa  402  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  52.85 
 
 
406 aa  401  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  53.64 
 
 
425 aa  386  1e-106  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  48.42 
 
 
491 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  58.19 
 
 
323 aa  384  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  50.34 
 
 
474 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  49.67 
 
 
447 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  52.46 
 
 
472 aa  358  9e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  52.46 
 
 
472 aa  358  9e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  52.46 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  53.63 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  53.25 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  52.46 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  52.46 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  54.18 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  54.22 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  53.2 
 
 
476 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  52.22 
 
 
472 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  53.2 
 
 
476 aa  356  2.9999999999999997e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  53.51 
 
 
471 aa  345  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  46.85 
 
 
305 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  43.22 
 
 
328 aa  261  1e-68  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  42.06 
 
 
416 aa  236  6e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  42.9 
 
 
416 aa  235  9e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  38.73 
 
 
417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  41.24 
 
 
417 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  40.23 
 
 
320 aa  206  6e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  35.71 
 
 
311 aa  202  9.999999999999999e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  36.75 
 
 
329 aa  200  3e-50  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  35.65 
 
 
338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  35.84 
 
 
324 aa  199  7.999999999999999e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  33.92 
 
 
727 aa  194  2e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  34.59 
 
 
318 aa  191  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  34.21 
 
 
331 aa  187  3e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  35.36 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  36.73 
 
 
320 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  33.98 
 
 
336 aa  177  3e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  35.33 
 
 
319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  32.82 
 
 
373 aa  167  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  32.87 
 
 
657 aa  158  2e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  30.59 
 
 
350 aa  155  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  30.31 
 
 
350 aa  152  7e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  44.09 
 
 
438 aa  150  4e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  32.13 
 
 
329 aa  149  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  31.09 
 
 
495 aa  147  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  44.89 
 
 
437 aa  137  5e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40.48 
 
 
451 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  31.87 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.31 
 
 
313 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  42.41 
 
 
467 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
368 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  28.3 
 
 
413 aa  129  8.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  28.38 
 
 
350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  31.13 
 
 
423 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5352  DNA-cytosine methyltransferase  25.93 
 
 
444 aa  124  4e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  30.3 
 
 
423 aa  124  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  31.4 
 
 
427 aa  123  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  27.78 
 
 
313 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  27.52 
 
 
308 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0452  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
392 aa  119  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0206606  hitchhiker  0.00155723 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  37.06 
 
 
460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  28.99 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  37.06 
 
 
460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  27.17 
 
 
328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  39.33 
 
 
456 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  39.33 
 
 
456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  34.08 
 
 
406 aa  114  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  37.36 
 
 
483 aa  114  5e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  29.18 
 
 
490 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  27.6 
 
 
323 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  29.43 
 
 
386 aa  111  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  25.9 
 
 
335 aa  110  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.56 
 
 
652 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  27.1 
 
 
310 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.49 
 
 
435 aa  103  6e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.47 
 
 
357 aa  103  7e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  30.34 
 
 
337 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4252  DNA-cytosine methyltransferase  30.12 
 
 
318 aa  100  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0263417 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  28.18 
 
 
335 aa  100  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.56 
 
 
334 aa  99.4  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  25.32 
 
 
370 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.98 
 
 
671 aa  98.6  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1389  DNA-cytosine methyltransferase  26.33 
 
 
387 aa  97.4  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  35 
 
 
239 aa  97.1  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  29.71 
 
 
400 aa  97.4  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
321 aa  96.3  8e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
361 aa  96.3  9e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  26.51 
 
 
383 aa  96.3  9e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  30.48 
 
 
404 aa  95.5  1e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  28.21 
 
 
342 aa  95.5  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>