221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4096 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
535 aa  1118    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2061  DNA-cytosine methyltransferase  41.67 
 
 
511 aa  408  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0281  modification methylase (cytosine-specific methyltransferase  44.61 
 
 
520 aa  398  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4264  DNA-cytosine methyltransferase  43.45 
 
 
508 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  43.15 
 
 
517 aa  389  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  42.59 
 
 
502 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  28.41 
 
 
388 aa  169  9e-41  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  25.44 
 
 
508 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  27 
 
 
452 aa  147  3e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  25.14 
 
 
657 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  25.56 
 
 
468 aa  124  5e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  26.68 
 
 
488 aa  121  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2562  DNA-cytosine methyltransferase  43.92 
 
 
423 aa  109  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  26.6 
 
 
474 aa  107  7e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  27.69 
 
 
420 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  24.02 
 
 
686 aa  100  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  26.76 
 
 
424 aa  100  9e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  24.58 
 
 
395 aa  99  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  23.97 
 
 
698 aa  98.2  3e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  26.2 
 
 
406 aa  97.4  5e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  22.3 
 
 
689 aa  93.6  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25 
 
 
450 aa  92.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  40.22 
 
 
500 aa  89.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  43.68 
 
 
489 aa  87.4  6e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  23.93 
 
 
446 aa  85.9  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  37.62 
 
 
671 aa  84.3  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  44.44 
 
 
652 aa  84  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.27 
 
 
501 aa  82.4  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  39.22 
 
 
492 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  23.39 
 
 
440 aa  81.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  23.39 
 
 
440 aa  81.3  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  25.54 
 
 
415 aa  80.5  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  26.89 
 
 
431 aa  78.2  0.0000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2975  hypothetical protein  69.39 
 
 
104 aa  77.4  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36602 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  31.25 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.95 
 
 
405 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
283 aa  75.1  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  23.95 
 
 
360 aa  73.9  0.000000000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30.11 
 
 
313 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  53.45 
 
 
373 aa  72.4  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  21.5 
 
 
454 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  28.81 
 
 
400 aa  71.6  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2521  modification methylase DdeI  28.73 
 
 
518 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  28.66 
 
 
328 aa  70.9  0.00000000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  42.16 
 
 
438 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 
468 aa  69.3  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  27.13 
 
 
434 aa  68.2  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  56.86 
 
 
357 aa  68.6  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  31.06 
 
 
462 aa  67.8  0.0000000005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  24.64 
 
 
375 aa  67.4  0.0000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  35.21 
 
 
399 aa  67.4  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  29.38 
 
 
399 aa  67.4  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
310 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.94 
 
 
387 aa  65.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  27.71 
 
 
419 aa  66.2  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  29.87 
 
 
370 aa  65.1  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  23.15 
 
 
361 aa  65.1  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  26.17 
 
 
381 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  36.84 
 
 
308 aa  65.1  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  27.43 
 
 
402 aa  64.7  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  28.45 
 
 
421 aa  64.3  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  24.12 
 
 
373 aa  63.9  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  26.84 
 
 
415 aa  63.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.97 
 
 
362 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0121  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  22.98 
 
 
395 aa  62.4  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  30.2 
 
 
385 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  22.6 
 
 
460 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  22.6 
 
 
460 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1617  DNA-cytosine methyltransferase  29.7 
 
 
437 aa  62.4  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132126 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0401  C-5 cytosine-specific DNA methylase  46.88 
 
 
520 aa  62  0.00000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.428624  hitchhiker  0.000124126 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  25.93 
 
 
398 aa  62  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  21.95 
 
 
389 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  31.17 
 
 
409 aa  61.6  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00245  site-specific DNA-methyltransferase  25.08 
 
 
735 aa  61.6  0.00000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.191981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  24.72 
 
 
438 aa  61.2  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  26.21 
 
 
361 aa  61.2  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  25.39 
 
 
464 aa  60.8  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  24.25 
 
 
446 aa  60.8  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  25.44 
 
 
399 aa  60.5  0.00000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
379 aa  60.1  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0938  DNA-cytosine methyltransferase  25.67 
 
 
355 aa  60.1  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.42 
 
 
431 aa  60.1  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  26.42 
 
 
335 aa  59.7  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  42.11 
 
 
434 aa  60.1  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  37.38 
 
 
423 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  26.46 
 
 
367 aa  59.7  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  45.07 
 
 
309 aa  59.7  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  54 
 
 
615 aa  58.9  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  26.67 
 
 
395 aa  59.3  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  37.38 
 
 
423 aa  59.3  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  29.25 
 
 
356 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  56.86 
 
 
355 aa  59.3  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  25.49 
 
 
323 aa  58.5  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  34.12 
 
 
361 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  29.24 
 
 
349 aa  58.5  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  32.2 
 
 
368 aa  57.8  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  23.61 
 
 
365 aa  57.4  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  43.55 
 
 
377 aa  57.4  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  27.4 
 
 
465 aa  57  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  25 
 
 
366 aa  57  0.0000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>