More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_4938 on replicon NC_011368
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
355 aa  735    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  39.08 
 
 
373 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  36.23 
 
 
357 aa  205  8e-52  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  36 
 
 
395 aa  189  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  34.07 
 
 
415 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  34.14 
 
 
415 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  32.89 
 
 
421 aa  181  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  29.89 
 
 
360 aa  179  5.999999999999999e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  31.28 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  31.28 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  33.59 
 
 
389 aa  173  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  32.39 
 
 
431 aa  171  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  31.07 
 
 
488 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  31.81 
 
 
342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  33.43 
 
 
438 aa  160  4e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  35.73 
 
 
361 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  32.22 
 
 
381 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  31.3 
 
 
388 aa  159  9e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  29.44 
 
 
434 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  30.86 
 
 
424 aa  156  4e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.99 
 
 
387 aa  155  8e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  29.4 
 
 
489 aa  150  3e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  32.19 
 
 
374 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  31.76 
 
 
657 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  30.37 
 
 
438 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
373 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  31.33 
 
 
431 aa  147  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  31.47 
 
 
443 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  29.67 
 
 
365 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  30.31 
 
 
440 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  29.35 
 
 
385 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  32.11 
 
 
365 aa  146  5e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  30.31 
 
 
440 aa  146  5e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  30.97 
 
 
446 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 
468 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  30.75 
 
 
652 aa  143  5e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  31.07 
 
 
313 aa  142  9.999999999999999e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  32.77 
 
 
361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  27.78 
 
 
406 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  30.62 
 
 
671 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  30.67 
 
 
371 aa  139  7e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  29.92 
 
 
325 aa  138  1e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  28.01 
 
 
465 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  31.14 
 
 
319 aa  137  2e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 
349 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  31.55 
 
 
320 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 
375 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
390 aa  136  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  28.88 
 
 
354 aa  136  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  32.58 
 
 
362 aa  136  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  31.65 
 
 
366 aa  135  8e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  27.45 
 
 
423 aa  134  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  32.96 
 
 
358 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  27.17 
 
 
423 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  29.49 
 
 
468 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  32.97 
 
 
358 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  26.13 
 
 
450 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.4 
 
 
415 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  27.54 
 
 
474 aa  129  8.000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  28.96 
 
 
377 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.57 
 
 
359 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  28.18 
 
 
352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  29.2 
 
 
358 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  29.97 
 
 
344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
361 aa  126  7e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  28.73 
 
 
355 aa  125  1e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  30.17 
 
 
340 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  29.51 
 
 
308 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.57 
 
 
375 aa  124  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 
398 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  29.79 
 
 
371 aa  122  9e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  32.38 
 
 
320 aa  122  9e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  29.8 
 
 
318 aa  122  9.999999999999999e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.19 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  30.29 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.23 
 
 
501 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  31.53 
 
 
309 aa  119  6e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  28.07 
 
 
345 aa  119  7.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.02 
 
 
362 aa  119  9e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.19 
 
 
405 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  29.01 
 
 
350 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225645 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30.09 
 
 
313 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  26.97 
 
 
420 aa  115  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
698 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  27.63 
 
 
689 aa  115  8.999999999999998e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  28.65 
 
 
364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
686 aa  115  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  26.72 
 
 
370 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
356 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  26.11 
 
 
446 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
402 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  32.04 
 
 
400 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  26.46 
 
 
492 aa  112  8.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4269  DNA-cytosine methyltransferase  28.62 
 
 
359 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  29.48 
 
 
399 aa  112  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  25.81 
 
 
452 aa  112  9e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  32.47 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  28.84 
 
 
414 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.35 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  27.51 
 
 
323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>