294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3438 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  100 
 
 
364 aa  757    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3989  DNA-cytosine methyltransferase  43.98 
 
 
348 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.519304  normal  0.0147961 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  34.11 
 
 
313 aa  159  9e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  34.86 
 
 
335 aa  159  9e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  32 
 
 
328 aa  157  3e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  32.46 
 
 
319 aa  154  2e-36  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  33.13 
 
 
308 aa  151  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  31.11 
 
 
335 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  29.03 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  32.42 
 
 
320 aa  135  9e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2537  DNA-cytosine methyltransferase  31.35 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.25 
 
 
357 aa  134  3e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  30.96 
 
 
318 aa  134  3e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0731  C-5 cytosine-specific DNA methylase  31.12 
 
 
385 aa  132  6.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0533195  normal 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  32.43 
 
 
370 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  32.84 
 
 
320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
360 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  30.96 
 
 
313 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1029  putative site-specific DNA-methyltransferase  29.76 
 
 
383 aa  127  3e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  30.15 
 
 
389 aa  126  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  30.6 
 
 
362 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01778  site-specific DNA-methyltransferase  29.4 
 
 
386 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  29.92 
 
 
373 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  30.79 
 
 
334 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0727  DNA-cytosine methyltransferase  28.15 
 
 
372 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00617337  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
438 aa  124  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  28.78 
 
 
310 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  30.51 
 
 
468 aa  123  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  28.87 
 
 
443 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  29.55 
 
 
337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  29.32 
 
 
423 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 
423 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  30.88 
 
 
309 aa  118  1.9999999999999998e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
415 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  29.86 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  27.88 
 
 
454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  29.67 
 
 
323 aa  112  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  30.73 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  29.69 
 
 
368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  28.61 
 
 
421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  27.12 
 
 
409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  33.2 
 
 
434 aa  109  7.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  29.36 
 
 
390 aa  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  28.65 
 
 
361 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  26.11 
 
 
342 aa  108  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  35.87 
 
 
406 aa  108  1e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  27.98 
 
 
317 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  27.45 
 
 
398 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.57 
 
 
375 aa  106  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  26.78 
 
 
373 aa  105  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  27.85 
 
 
388 aa  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  28.74 
 
 
352 aa  105  1e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  35.8 
 
 
489 aa  105  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  30.18 
 
 
446 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4962  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
342 aa  104  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  25.95 
 
 
689 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.45 
 
 
431 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.84 
 
 
698 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.36 
 
 
686 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.3 
 
 
652 aa  103  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  27.27 
 
 
381 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  28.24 
 
 
355 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  29.66 
 
 
371 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  27.32 
 
 
465 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  31.18 
 
 
412 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1616  C-5 cytosine-specific DNA methylase family protein  28.49 
 
 
345 aa  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  27.72 
 
 
365 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  29.52 
 
 
313 aa  101  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.88 
 
 
415 aa  100  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  28.93 
 
 
362 aa  101  3e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  36.49 
 
 
418 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  36.49 
 
 
418 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  28.25 
 
 
345 aa  100  4e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  32.57 
 
 
283 aa  100  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  27.78 
 
 
356 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  25.93 
 
 
671 aa  99.8  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  26.64 
 
 
393 aa  99.8  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  27.36 
 
 
402 aa  99.4  9e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  28.3 
 
 
361 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  24.13 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  36.78 
 
 
438 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  28.82 
 
 
400 aa  99  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  25.34 
 
 
450 aa  98.2  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  27.4 
 
 
488 aa  98.2  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.14 
 
 
387 aa  98.2  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  28.35 
 
 
399 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  27.88 
 
 
399 aa  98.6  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  28.53 
 
 
361 aa  97.4  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
313 aa  97.1  4e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  27.97 
 
 
374 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  27.82 
 
 
366 aa  96.7  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4269  DNA-cytosine methyltransferase  28.91 
 
 
359 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  27.07 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
434 aa  95.5  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  27.61 
 
 
395 aa  95.9  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  29.2 
 
 
615 aa  94.7  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  27.37 
 
 
344 aa  94.4  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  26.85 
 
 
358 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  27.12 
 
 
312 aa  94.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>