More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3758 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
443 aa  905    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  69.95 
 
 
446 aa  587  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  54.18 
 
 
434 aa  455  1e-127  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  54.59 
 
 
421 aa  456  1e-127  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  52.68 
 
 
418 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  52.68 
 
 
418 aa  449  1e-125  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  53.64 
 
 
431 aa  442  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  50.61 
 
 
415 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  51.29 
 
 
431 aa  411  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  37.76 
 
 
415 aa  215  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  37.24 
 
 
377 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  38.11 
 
 
365 aa  213  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.81 
 
 
375 aa  198  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4984  DNA-cytosine methyltransferase  37.43 
 
 
361 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7048  DNA-cytosine methyltransferase  37.7 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  36.86 
 
 
358 aa  173  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  34.02 
 
 
357 aa  166  9e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  33.07 
 
 
381 aa  162  9e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  31.58 
 
 
395 aa  162  1e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  30.32 
 
 
328 aa  151  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  28.86 
 
 
385 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.25 
 
 
387 aa  146  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  31.13 
 
 
389 aa  146  8.000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  32.08 
 
 
424 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  31.39 
 
 
365 aa  145  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  28.72 
 
 
340 aa  145  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  30.13 
 
 
335 aa  144  4e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  28.14 
 
 
361 aa  143  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  33.25 
 
 
320 aa  143  7e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  32.92 
 
 
361 aa  143  8e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  29.46 
 
 
325 aa  140  6e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  28.06 
 
 
438 aa  139  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  29.57 
 
 
438 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
390 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  30.45 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  37.09 
 
 
362 aa  134  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  29.57 
 
 
412 aa  133  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  28.19 
 
 
406 aa  133  6e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  29.69 
 
 
335 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  28.07 
 
 
468 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  27.16 
 
 
465 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  31.47 
 
 
355 aa  131  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  28.24 
 
 
360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  28.32 
 
 
342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  27.94 
 
 
689 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  40.31 
 
 
283 aa  128  2.0000000000000002e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  30.08 
 
 
374 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  29.64 
 
 
488 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  27.01 
 
 
388 aa  127  5e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  28.31 
 
 
356 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  34.26 
 
 
362 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  30.15 
 
 
657 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  29.31 
 
 
313 aa  124  4e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  34.76 
 
 
370 aa  123  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  27.37 
 
 
398 aa  123  6e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  30.79 
 
 
362 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  28.87 
 
 
364 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  23.43 
 
 
489 aa  120  6e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  26.36 
 
 
406 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.54 
 
 
652 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  26.26 
 
 
323 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  31.31 
 
 
399 aa  119  9.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  30.42 
 
 
318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.79 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.92 
 
 
313 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  28.61 
 
 
309 aa  117  5e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  29.23 
 
 
402 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  27.6 
 
 
671 aa  116  6e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  27.82 
 
 
375 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  33.63 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  29.41 
 
 
400 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  27.3 
 
 
308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.74 
 
 
686 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.91 
 
 
698 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  26.08 
 
 
450 aa  113  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
440 aa  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  38.46 
 
 
440 aa  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2562  DNA-cytosine methyltransferase  26.89 
 
 
423 aa  113  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  33.82 
 
 
334 aa  112  9e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1487  DNA-cytosine methyltransferase  32.37 
 
 
434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.98 
 
 
501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  27.64 
 
 
468 aa  111  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  28.87 
 
 
349 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1322  DNA-cytosine methyltransferase  29.09 
 
 
429 aa  110  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000848316  hitchhiker  0.000198005 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  30.27 
 
 
460 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  30.27 
 
 
460 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  28.33 
 
 
395 aa  108  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  27.73 
 
 
415 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  26.83 
 
 
409 aa  106  7e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  26.98 
 
 
420 aa  106  9e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  28.5 
 
 
440 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  27.09 
 
 
446 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  37.5 
 
 
632 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  35.59 
 
 
508 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2652  DNA-cytosine methyltransferase  30.95 
 
 
435 aa  105  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0989832  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  24.8 
 
 
328 aa  105  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  35.14 
 
 
405 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>