252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0680 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0680  C-5 cytosine-specific DNA methylase  100 
 
 
350 aa  733    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000225645 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2196  DNA-cytosine methyltransferase  55.85 
 
 
366 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.227819  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3681  modification methylase HgiDII  54.94 
 
 
344 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  55.85 
 
 
349 aa  369  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3845  DNA-cytosine methyltransferase  55.72 
 
 
371 aa  366  1e-100  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0606  DNA-cytosine methyltransferase  51.73 
 
 
355 aa  363  2e-99  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4678  DNA-cytosine methyltransferase  51.15 
 
 
345 aa  363  2e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201023  normal  0.324334 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1628  C-5 cytosine-specific DNA methylase  49.71 
 
 
359 aa  350  3e-95  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  50.88 
 
 
354 aa  345  7e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4973  DNA-cytosine methyltransferase  50.29 
 
 
373 aa  341  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2193  DNA-cytosine methyltransferase  49.43 
 
 
358 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.877984  normal  0.072963 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  37.86 
 
 
342 aa  223  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1183  hypothetical protein  40 
 
 
352 aa  218  1e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.401368  normal  0.0474441 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0080  DNA-cytosine methyltransferase  36.11 
 
 
371 aa  206  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.35686  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0302  DNA-cytosine methyltransferase  36.74 
 
 
375 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  34.97 
 
 
362 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2314  DNA-cytosine methyltransferase  33.91 
 
 
340 aa  178  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.704291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  32.96 
 
 
374 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  33.93 
 
 
365 aa  169  7e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  31.88 
 
 
373 aa  150  3e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4269  DNA-cytosine methyltransferase  32.88 
 
 
359 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.88782 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1675  DNA-cytosine methyltransferase  28.03 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  30.18 
 
 
395 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  28.92 
 
 
357 aa  129  7.000000000000001e-29  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  30.88 
 
 
381 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  29.59 
 
 
361 aa  123  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
385 aa  122  9e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0160  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  29.36 
 
 
404 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.319111  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  28.98 
 
 
652 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  29.95 
 
 
398 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.25 
 
 
387 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0891  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.22 
 
 
397 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  30.11 
 
 
671 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0576  DNA-cytosine methyltransferase  26.75 
 
 
313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  26.2 
 
 
488 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  24.26 
 
 
438 aa  107  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1839  DNA-cytosine methyltransferase  25.65 
 
 
318 aa  107  3e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.414211  normal  0.341933 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  26.65 
 
 
465 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.13 
 
 
388 aa  104  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  29.01 
 
 
355 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1322  DNA-cytosine methyltransferase  27.96 
 
 
429 aa  104  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000848316  hitchhiker  0.000198005 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0416  DNA-cytosine methyltransferase  27.22 
 
 
320 aa  103  3e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  27.44 
 
 
362 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0700  DNA-cytosine methyltransferase  26.93 
 
 
320 aa  103  4e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  25.99 
 
 
689 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  28.42 
 
 
399 aa  100  5e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  25.69 
 
 
389 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  25.31 
 
 
686 aa  98.6  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  27.91 
 
 
434 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  25.25 
 
 
698 aa  97.8  2e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  27.88 
 
 
468 aa  98.2  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1270  DNA-cytosine methyltransferase  26.65 
 
 
406 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  24.93 
 
 
423 aa  96.3  7e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1383  DNA-cytosine methyltransferase  27.33 
 
 
309 aa  95.5  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1243  DNA-cytosine methyltransferase  25.35 
 
 
325 aa  94  4e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  24.64 
 
 
423 aa  92.8  8e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  26.89 
 
 
446 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  25.63 
 
 
310 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  25.97 
 
 
349 aa  91.7  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0232  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.99 
 
 
415 aa  89.7  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.547554  decreased coverage  0.000406028 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  24.43 
 
 
489 aa  89.7  6e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  24.64 
 
 
313 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  24.71 
 
 
313 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  26.04 
 
 
420 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  25.49 
 
 
424 aa  88.2  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  24.8 
 
 
361 aa  87.8  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  24.51 
 
 
415 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1473  DNA-cytosine methyltransferase  22.01 
 
 
360 aa  87.8  3e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  28.11 
 
 
657 aa  87.8  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.43 
 
 
334 aa  87  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06638  C5 cytosine methyltransferase DmtAPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q876R1]  24.86 
 
 
615 aa  84.7  0.000000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0121285  normal  0.227283 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  26.52 
 
 
402 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.74 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0419  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.82 
 
 
405 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000336169  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  27.04 
 
 
431 aa  83.2  0.000000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  24.23 
 
 
468 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  26.8 
 
 
443 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  24.86 
 
 
337 aa  81.6  0.00000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  25.22 
 
 
323 aa  79.7  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 
452 aa  79.3  0.00000000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  28.71 
 
 
415 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1568  DNA-cytosine methyltransferase  24.51 
 
 
662 aa  79  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0406485  hitchhiker  0.00122877 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  25.91 
 
 
348 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  24.73 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  25.71 
 
 
317 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  24.8 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  24.76 
 
 
399 aa  76.6  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  39.31 
 
 
405 aa  76.3  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  25.58 
 
 
406 aa  76.3  0.0000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3438  DNA modification cytosine-specific methyltransferase protein  25.07 
 
 
364 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  25.83 
 
 
379 aa  75.9  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1205  DNA-cytosine methyltransferase  24.58 
 
 
632 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.649135 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4319  DNA-cytosine methyltransferase family protein  26.16 
 
 
312 aa  75.9  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  24.21 
 
 
377 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  26.17 
 
 
365 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2462  DNA-cytosine methyltransferase  25.27 
 
 
412 aa  75.9  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.017331  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  22.83 
 
 
320 aa  74.7  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2284  DNA-cytosine methyltransferase  23.69 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  24.93 
 
 
352 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  30.21 
 
 
440 aa  73.9  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>