More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2742 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  100 
 
 
492 aa  1008    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  60.9 
 
 
501 aa  597  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  49.8 
 
 
500 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  40.4 
 
 
508 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  31.71 
 
 
671 aa  167  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  31.17 
 
 
652 aa  163  7e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
686 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  29 
 
 
698 aa  157  4e-37  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  27.84 
 
 
689 aa  154  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  28.57 
 
 
395 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  28.84 
 
 
488 aa  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  28.07 
 
 
434 aa  128  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  29.11 
 
 
424 aa  127  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  27.12 
 
 
406 aa  125  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.7 
 
 
388 aa  125  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.67 
 
 
431 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.77 
 
 
357 aa  121  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1018  DNA-cytosine methyltransferase  27.1 
 
 
418 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.928901 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0989  DNA-cytosine methyltransferase  27.1 
 
 
418 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3504  BsaWI methylase  28.95 
 
 
440 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.671295  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  23.75 
 
 
468 aa  118  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  27.29 
 
 
502 aa  115  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.44 
 
 
387 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  28.03 
 
 
440 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  28.03 
 
 
440 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  27.09 
 
 
373 aa  111  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  30.83 
 
 
313 aa  110  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2442  DNA-cytosine methyltransferase  26.02 
 
 
464 aa  110  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.767774  unclonable  0.00000000055978 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26030  DNA-methyltransferase Dcm  25.81 
 
 
431 aa  106  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  31.4 
 
 
437 aa  105  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  27.54 
 
 
443 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  25.33 
 
 
474 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2163  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  26.65 
 
 
375 aa  103  9e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41914  normal  0.896778 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  32.54 
 
 
468 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  30.13 
 
 
313 aa  102  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0531  DNA-cytosine methyltransferase  34.83 
 
 
421 aa  102  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2797  DNA-cytosine methyltransferase  28.48 
 
 
399 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0617861  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1453  DNA-cytosine methyltransferase  32.54 
 
 
342 aa  102  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  24.8 
 
 
446 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  27.45 
 
 
355 aa  100  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  31.88 
 
 
308 aa  100  6e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  34.98 
 
 
452 aa  100  6e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4264  DNA-cytosine methyltransferase  24.95 
 
 
508 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_257  DNA-cytosine methyltransferase  31.94 
 
 
365 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4233  DNA-cytosine methyltransferase  31.16 
 
 
283 aa  97.4  5e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  31.8 
 
 
334 aa  97.1  7e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1494  DNA-cytosine methyltransferase  26.96 
 
 
423 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  31.31 
 
 
423 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  32.35 
 
 
423 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  24.31 
 
 
450 aa  94.4  4e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  30.28 
 
 
385 aa  94.4  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  30.73 
 
 
727 aa  94  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4810  DNA-cytosine methyltransferase  30.23 
 
 
379 aa  94  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3920  DNA-cytosine methyltransferase  26.88 
 
 
358 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  33.17 
 
 
415 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  30.21 
 
 
331 aa  92  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  29.8 
 
 
389 aa  91.3  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2652  DNA-cytosine methyltransferase  26.4 
 
 
435 aa  90.1  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0989832  normal  0.343729 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  28.78 
 
 
329 aa  90.1  8e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  28.64 
 
 
451 aa  89.4  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0526  DNA-cytosine methyltransferase  24.17 
 
 
377 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000243641  normal  0.870196 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0206  DNA-cytosine methyltransferase  32.08 
 
 
398 aa  89.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.711166  hitchhiker  0.00000436024 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  29.76 
 
 
327 aa  88.6  2e-16  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0644  DNA-cytosine methyltransferase  29.9 
 
 
390 aa  87.4  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000274432  normal  0.895055 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  29.11 
 
 
362 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1510  DNA-cytosine methyltransferase  30.54 
 
 
414 aa  87  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  30.81 
 
 
328 aa  87  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  30.2 
 
 
335 aa  86.3  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4309  DNA-cytosine methyltransferase  26.41 
 
 
374 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0990622  normal  0.0453977 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  30.41 
 
 
320 aa  85.1  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  29.28 
 
 
361 aa  84.7  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  28.64 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  29.91 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  27.23 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  31.22 
 
 
454 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  33.5 
 
 
361 aa  84.3  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  52.63 
 
 
489 aa  83.6  0.000000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0281  modification methylase (cytosine-specific methyltransferase  41.07 
 
 
520 aa  83.6  0.000000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1159  putative 5-methylcytosine methyltransferase  30.32 
 
 
381 aa  83.2  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.105767  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  27.81 
 
 
467 aa  82.8  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  29.5 
 
 
335 aa  82.8  0.00000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  29.13 
 
 
370 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1847  DNA-cytosine methyltransferase  32.51 
 
 
446 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139503  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  29.19 
 
 
657 aa  82.4  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  39.22 
 
 
535 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3855  DNA-cytosine methyltransferase  30.81 
 
 
313 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  3.45727e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  26.36 
 
 
368 aa  81.3  0.00000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1377  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
362 aa  81.6  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
319 aa  80.9  0.00000000000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  30.61 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  27.16 
 
 
350 aa  81.3  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  26.54 
 
 
416 aa  81.3  0.00000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  28.57 
 
 
395 aa  80.9  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4036  DNA-cytosine methyltransferase  27.4 
 
 
365 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  27.67 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  25.64 
 
 
362 aa  80.1  0.00000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  52.11 
 
 
517 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0528  DNA-cytosine methyltransferase  25.33 
 
 
354 aa  79.7  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.555926  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  27.46 
 
 
471 aa  79.3  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1175  DNA-cytosine methyltransferase  28.8 
 
 
349 aa  79.7  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164827  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>