244 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2061 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2061  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
511 aa  1036    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2858  DNA-cytosine methyltransferase  50.19 
 
 
502 aa  457  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.568201  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4096  DNA-cytosine methyltransferase  41.67 
 
 
535 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0281  modification methylase (cytosine-specific methyltransferase  44.74 
 
 
520 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4264  DNA-cytosine methyltransferase  41.28 
 
 
508 aa  365  1e-99  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3077  DNA-cytosine methyltransferase  40.34 
 
 
517 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.485404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2562  DNA-cytosine methyltransferase  31.94 
 
 
423 aa  187  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  26.84 
 
 
388 aa  163  8.000000000000001e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0450  DNA-cytosine methyltransferase  29.1 
 
 
452 aa  151  4e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.618512 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3948  DNA-cytosine methyltransferase  28.02 
 
 
657 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3950  DNA-cytosine methyltransferase  28.73 
 
 
508 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0766  DNA-cytosine methyltransferase  27.22 
 
 
488 aa  132  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2975  hypothetical protein  82.67 
 
 
104 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0931  DNA-cytosine methyltransferase  25.58 
 
 
474 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000014473 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.86 
 
 
357 aa  113  8.000000000000001e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36050  C-5 cytosine-specific DNA methylase  26.12 
 
 
501 aa  101  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1018  DNA-cytosine methyltransferase  24.39 
 
 
446 aa  101  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000487753  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4938  DNA-cytosine methyltransferase  27.65 
 
 
355 aa  101  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0378  DNA-cytosine methyltransferase  23.53 
 
 
686 aa  97.4  5e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.853393  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1413  DNA-cytosine methyltransferase  44.06 
 
 
420 aa  97.4  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.582499  normal  0.117973 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2869  DNA-cytosine methyltransferase  28.5 
 
 
409 aa  97.1  8e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000758151  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  46.46 
 
 
652 aa  95.1  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1050  DNA-cytosine methyltransferase  26.95 
 
 
361 aa  92  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00805794  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0503  putative C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.38 
 
 
387 aa  90.5  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.181875  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0372  DNA-cytosine methyltransferase  24.55 
 
 
385 aa  90.1  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.497071  normal  0.790678 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  43.33 
 
 
671 aa  89.4  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8539  DNA-cytosine methyltransferase  26.12 
 
 
389 aa  87.4  5e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000203506  hitchhiker  0.000040976 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0820  putative two-component sensor  40 
 
 
489 aa  86.7  9e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0815134  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1333  DNA-cytosine methyltransferase  25.51 
 
 
415 aa  86.3  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235826  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4262  DNA-cytosine methyltransferase  24.57 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2889  DNA-cytosine methyltransferase  34.83 
 
 
373 aa  83.2  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000172243  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1494  DNA-cytosine methyltransferase  25.6 
 
 
423 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04441  DNA-cytosine methyltransferase  39.33 
 
 
689 aa  82.8  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.355889  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3927  DNA-cytosine methyltransferase  41.38 
 
 
500 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.427822  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2232  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  33.33 
 
 
405 aa  81.3  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.996757  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04331  DNA-cytosine methyltransferase  38.2 
 
 
698 aa  81.3  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0101  C-5 cytosine-specific DNA methylase  23.93 
 
 
431 aa  80.5  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.999272  normal  0.127001 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4338  modification methylase DdeI  47.62 
 
 
468 aa  80.1  0.00000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00618638  hitchhiker  0.00000000596927 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0676  DNA-cytosine methyltransferase  25.19 
 
 
434 aa  79  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0429  DNA-cytosine methyltransferase  36.62 
 
 
462 aa  75.5  0.000000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.584191  normal  0.0384106 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2522  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 
468 aa  75.5  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.153243  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1529  DNA-cytosine methyltransferase  34.87 
 
 
402 aa  75.1  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000344499  unclonable  0.000000000227525 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3758  cytosine-specific DNA methylase  26.24 
 
 
443 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.00145147  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  31.98 
 
 
386 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04735  DNA (cytosine-5)-methyltransferase PliMCI  47.62 
 
 
395 aa  73.9  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1155  DNA-cytosine methyltransferase  27.57 
 
 
317 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3399  DNA-cytosine methyltransferase  35.07 
 
 
356 aa  73.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.273087  hitchhiker  0.000000104958 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  26.03 
 
 
472 aa  73.9  0.000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0824  DNA-cytosine methyltransferase  24.22 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2521  modification methylase DdeI  30.41 
 
 
518 aa  73.6  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  26.85 
 
 
472 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0139  DNA-cytosine methyltransferase  29.13 
 
 
361 aa  72.8  0.00000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00921515  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  26.85 
 
 
472 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  26.85 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  25.5 
 
 
373 aa  72  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0598  DNA-cytosine methyltransferase  27.44 
 
 
440 aa  72.4  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0631504  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  26.85 
 
 
472 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0394  DNA-cytosine methyltransferase  27.44 
 
 
440 aa  72.4  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0349953  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  26.85 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  26.85 
 
 
472 aa  72.4  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  33.09 
 
 
313 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  34.56 
 
 
406 aa  71.6  0.00000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2742  DNA methylase  41.86 
 
 
492 aa  72  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1414  DNA-cytosine methyltransferase  35.37 
 
 
419 aa  71.2  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106105  normal  0.0448096 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3325  DNA-cytosine methyltransferase  26.64 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  34.53 
 
 
313 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00245  site-specific DNA-methyltransferase  26.71 
 
 
735 aa  70.1  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.191981  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  30 
 
 
416 aa  70.1  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5064  DNA-cytosine methyltransferase  30.82 
 
 
424 aa  70.1  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  34.31 
 
 
423 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  30.11 
 
 
334 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  44 
 
 
400 aa  69.3  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0102  DNA-cytosine methyltransferase  23.64 
 
 
438 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.557518  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1008  DNA-cytosine methyltransferase  25.52 
 
 
367 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  34.31 
 
 
423 aa  68.2  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0022  DNA-cytosine methyltransferase  30.67 
 
 
465 aa  67.8  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0809764  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  26.21 
 
 
447 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  26.79 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1673  DNA-cytosine methyltransferase  26.79 
 
 
366 aa  67.8  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4605  DNA-cytosine methyltransferase family protein  25.87 
 
 
362 aa  67.4  0.0000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000208195  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  32.43 
 
 
393 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1132  DNA-cytosine methyltransferase  31.65 
 
 
395 aa  67  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.53813  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0840  modification methylase DdeI; cytosine-specific methyltransferase  24.02 
 
 
450 aa  66.6  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  3.27192e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2280  DNA-cytosine methyltransferase  27.56 
 
 
313 aa  66.2  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.977909 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0534  DNA-cytosine methyltransferase  30.71 
 
 
399 aa  65.9  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0499669  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3472  DNA-cytosine methyltransferase  30.5 
 
 
370 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000168758  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  30.22 
 
 
308 aa  65.5  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2644  C-5 cytosine-specific DNA methylase  27.11 
 
 
362 aa  65.1  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  24.74 
 
 
471 aa  64.7  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  27.12 
 
 
310 aa  64.7  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3736  DNA-cytosine methyltransferase  32.12 
 
 
434 aa  64.3  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.730052  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  27.03 
 
 
491 aa  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  26.12 
 
 
416 aa  63.9  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6992  DNA-cytosine methyltransferase  32.05 
 
 
454 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  33.59 
 
 
437 aa  62.8  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  28.27 
 
 
352 aa  63.2  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  28.26 
 
 
460 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  28.26 
 
 
460 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  43.02 
 
 
368 aa  63.2  0.00000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  30.77 
 
 
335 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>