More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_2140 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1143  DNA-cytosine methyltransferase  83.86 
 
 
426 aa  719    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2140  DNA-cytosine methyltransferase  100 
 
 
428 aa  887    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000767539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3354  C-5 cytosine-specific DNA methylase  68.9 
 
 
418 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2371  DNA-cytosine methyltransferase  68.4 
 
 
419 aa  591  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0692329  hitchhiker  0.000000223127 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0298  DNA-cytosine methyltransferase  63.22 
 
 
415 aa  545  1e-154  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0414  DNA-cytosine methyltransferase  58.25 
 
 
436 aa  459  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.596456  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0145  hypothetical protein  53.21 
 
 
417 aa  455  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2460  DNA-cytosine methyltransferase  53.37 
 
 
424 aa  435  1e-121  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000266884  hitchhiker  0.00000000000186187 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3387  DNA-cytosine methyltransferase  56.7 
 
 
417 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.28418  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3057  DNA-cytosine methyltransferase  53.32 
 
 
406 aa  401  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3583  DNA-cytosine methyltransferase  54 
 
 
487 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0083  DNA-cytosine methyltransferase  52.15 
 
 
425 aa  379  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.817279  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0573  DNA cytosine methylase  48.39 
 
 
491 aa  376  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4747  DNA cytosine methylase  48.56 
 
 
474 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.209155  normal  0.300797 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0356  site-specific DNA methylase  56.48 
 
 
323 aa  375  1e-102  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4748  DNA cytosine methylase  50 
 
 
447 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1688  DNA-cytosine methyltransferase  54.22 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.105701  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1249  DNA cytosine methylase  54.64 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.608462  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0923  DNA cytosine methylase  54.22 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.579059  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2738  DNA cytosine methylase  54.22 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.285306  normal  0.358012 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2155  DNA cytosine methylase  54.64 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0409475 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1682  DNA cytosine methylase  54.22 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0382129 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2151  DNA cytosine methylase  54.64 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.366802 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1224  DNA cytosine methylase  54.22 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.27257  normal  0.639542 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2193  DNA cytosine methylase  53.71 
 
 
472 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000335113  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1127  DNA cytosine methylase  54.64 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00778828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2208  DNA cytosine methylase  54.64 
 
 
476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.736012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2063  DNA cytosine methylase  53.96 
 
 
472 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00482699  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2551  DNA cytosine methylase  51.91 
 
 
471 aa  342  5.999999999999999e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.491902 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00371  site-specific DNA methylase  45.72 
 
 
305 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1565  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  44.7 
 
 
328 aa  263  4e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3202  DNA-cytosine methyltransferase  38.53 
 
 
417 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000317903  unclonable  0.0000000000251181 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4919  DNA-cytosine methyltransferase  40.33 
 
 
416 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440588 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4374  DNA-cytosine methyltransferase  38.71 
 
 
417 aa  233  5e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.423632  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2867  DNA-cytosine methyltransferase  40 
 
 
416 aa  233  5e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000939229  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0060  DNA-cytosine methyltransferase  37.82 
 
 
329 aa  213  7e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2549  DNA-cytosine methyltransferase  36.84 
 
 
338 aa  208  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.149278  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1526  DNA-cytosine methyltransferase  36.28 
 
 
311 aa  204  3e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  7.5111e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1078  hypothetical protein  39.71 
 
 
320 aa  202  9.999999999999999e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1968  DNA-cytosine methyltransferase  35.82 
 
 
324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf138  cytosine-specific methyltransferase, related to HhaI  35.19 
 
 
327 aa  193  4e-48  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  decreased coverage  0.000711386  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0822  DNA-cytosine methyltransferase  33.99 
 
 
318 aa  194  4e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.091848  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2793  DNA-cytosine methyltransferase  33.43 
 
 
727 aa  188  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3307  DNA-cytosine methyltransferase  33.14 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2695  DNA-cytosine methyltransferase  35.59 
 
 
320 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2360  DNA-cytosine methyltransferase  31.73 
 
 
336 aa  181  2.9999999999999997e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00768264  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1839  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase., Type II site-specific deoxyribonuclease  32.19 
 
 
657 aa  172  7.999999999999999e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.520497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0841  modification methylase HpaII (cytosine-specific methyltransferase HpaII)  33.59 
 
 
373 aa  164  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  4.59966e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0587  DNA-cytosine methyltransferase  32.62 
 
 
319 aa  160  3e-38  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  decreased coverage  0.00791678  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1008  cytosine-specific methyltransferase NlaX  31.32 
 
 
350 aa  151  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.02363e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0816  DNA-cytosine methyltransferase  31.03 
 
 
350 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0652  DNA-cytosine methyltransferase  31.36 
 
 
329 aa  147  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000019493  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1245  DNA-cytosine methyltransferase  41.36 
 
 
438 aa  145  1e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47357  predicted protein  29.07 
 
 
495 aa  138  2e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.22131  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1297  C-5 cytosine-specific DNA methylase  40 
 
 
451 aa  136  9e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000219997  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5354  modification methylase HaeIII  28.44 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000130575  hitchhiker  4.94055e-16 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4652  DNA-cytosine methyltransferase  27.82 
 
 
413 aa  130  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.030739 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1869  prophage LambdaSa2, type II DNA modification methyltransferase, putative  41.01 
 
 
437 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000208673  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001833  DNA-cytosine methyltransferase  30.72 
 
 
427 aa  125  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1633  DNA-cytosine methyltransferase  28.84 
 
 
368 aa  123  5e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00134402  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20440  DNA-methyltransferase Dcm  30.48 
 
 
315 aa  122  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.359782  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0272  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 
308 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.861301  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5355  modification methylase HaeIII  26.95 
 
 
313 aa  119  7e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000134666  hitchhiker  1.11891e-16 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1962  DNA-cytosine methyltransferase  39.15 
 
 
467 aa  117  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0166825 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2666  DNA-cytosine methyltransferase  34.86 
 
 
460 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3450  DNA-cytosine methyltransferase  34.86 
 
 
460 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0082  DNA-cytosine methyltransferase  29.89 
 
 
423 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.576583 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4296  DNA-cytosine methyltransferase  38.12 
 
 
456 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4356  DNA-cytosine methyltransferase  38.12 
 
 
456 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.593221  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0932  DNA-cytosine methyltransferase  26.79 
 
 
350 aa  114  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000150039 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0731  site-specific DNA methylase  33.15 
 
 
406 aa  113  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00265008  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0160  DNA-cytosine methyltransferase  27.43 
 
 
328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0084  DNA-cytosine methyltransferase  28.01 
 
 
423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1972  DNA-cytosine methyltransferase  28.49 
 
 
490 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0825702  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0047  cytosine-specific methyltransferase NlaX (M.NlaX)  27.81 
 
 
352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00306927  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0452  DNA-cytosine methyltransferase  26.47 
 
 
392 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0206606  hitchhiker  0.00155723 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1093  DNA-cytosine methyltransferase  29.25 
 
 
386 aa  107  4e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1728  DNA-cytosine methyltransferase  33.33 
 
 
483 aa  106  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.770689  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2257  DNA-cytosine methyltransferase  27 
 
 
323 aa  106  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120501 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1855  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  31.44 
 
 
435 aa  106  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.918584  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0079  DNA-cytosine methyltransferase  26.9 
 
 
335 aa  104  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5352  DNA-cytosine methyltransferase  31.55 
 
 
444 aa  103  8e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0271  DNA-cytosine methyltransferase  26.02 
 
 
310 aa  102  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2535  DNA-cytosine methyltransferase  28.88 
 
 
400 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1017  DNA-cytosine methyltransferase  26.37 
 
 
407 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000173246  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0756  DNA-cytosine methyltransferase  28.27 
 
 
671 aa  100  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.967927  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4525  DNA-cytosine methyltransferase  29 
 
 
337 aa  100  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.301699 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4337  cytosine-specific methyltransferase NlaX  28.2 
 
 
348 aa  100  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0259442  hitchhiker  0.000000011708 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0568  DNA-cytosine methyltransferase  27.56 
 
 
652 aa  99.8  8e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.905473  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1722  DNA-cytosine methyltransferase  27.65 
 
 
335 aa  99.4  1e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000269653  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0535  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  25.26 
 
 
357 aa  98.6  2e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000373164 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1823  DNA-cytosine methyltransferase  26.35 
 
 
321 aa  98.6  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2320  DNA-cytosine methyltransferase  25.41 
 
 
334 aa  99  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1470  DNA-cytosine methyltransferase  25.76 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7069  DNA-cytosine methyltransferase  27.89 
 
 
393 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000135592  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1389  DNA-cytosine methyltransferase  27.53 
 
 
387 aa  97.1  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.376971  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0832  DNA-cytosine methyltransferase  26.81 
 
 
383 aa  96.7  8e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006578  pBT9727_0058  phage-related DNA methylase, N-terminal region  33.16 
 
 
239 aa  96.3  9e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl308  modification methylase Sau3AI (GATC cytosine-specific methyltransferase)  30.21 
 
 
404 aa  95.9  1e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00656674  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0819  modification methylase HaeIII (cytosine-specificmethyltransferase HaeIII; M.HaeIII)  25.88 
 
 
388 aa  95.1  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.230352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>