More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5349 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  83.9 
 
 
436 aa  735    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  100 
 
 
441 aa  897    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.1 
 
 
460 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  68.03 
 
 
456 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.65 
 
 
460 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.65 
 
 
460 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  67.42 
 
 
460 aa  581  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  67.19 
 
 
469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  67.19 
 
 
449 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  66.89 
 
 
451 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  67.42 
 
 
467 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  67.34 
 
 
465 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  67.65 
 
 
462 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  67.34 
 
 
465 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.45 
 
 
439 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  63.93 
 
 
439 aa  549  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  63.57 
 
 
430 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.57 
 
 
430 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.57 
 
 
430 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  63.66 
 
 
434 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  56.84 
 
 
441 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.81 
 
 
466 aa  443  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  54.65 
 
 
454 aa  441  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.33 
 
 
452 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.5 
 
 
441 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.47 
 
 
436 aa  410  1e-113  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.67 
 
 
450 aa  410  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.68 
 
 
459 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
467 aa  402  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  46.43 
 
 
469 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.74 
 
 
439 aa  392  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  47.36 
 
 
440 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.37 
 
 
434 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.55 
 
 
451 aa  381  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.55 
 
 
451 aa  381  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  42.79 
 
 
438 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  43.02 
 
 
439 aa  319  6e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.02 
 
 
439 aa  319  6e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  40.97 
 
 
430 aa  303  6.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
446 aa  262  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  42.33 
 
 
539 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.91 
 
 
463 aa  257  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.02 
 
 
462 aa  256  5e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  42.82 
 
 
463 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
495 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.09 
 
 
470 aa  253  7e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0346  formate hydrogenlyase transcriptional activator, putative  41.61 
 
 
518 aa  251  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.501163 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  42.12 
 
 
525 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.81 
 
 
472 aa  250  3e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
469 aa  250  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.27 
 
 
469 aa  250  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.69 
 
 
469 aa  249  8e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.72 
 
 
568 aa  249  8e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.52 
 
 
557 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  41.3 
 
 
533 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2401  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
449 aa  248  1e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.68 
 
 
459 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  34.76 
 
 
464 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
453 aa  248  2e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.69 
 
 
553 aa  247  3e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  41.69 
 
 
553 aa  247  3e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.38 
 
 
553 aa  247  3e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.35 
 
 
477 aa  247  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.77 
 
 
455 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3479  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.08 
 
 
554 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3415  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.08 
 
 
554 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.417822  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.75 
 
 
553 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.95 
 
 
604 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.69 
 
 
553 aa  246  6e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.69 
 
 
553 aa  246  6e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3334  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.08 
 
 
554 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.448587  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.69 
 
 
553 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1278  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
477 aa  246  6e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.71706 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.5 
 
 
519 aa  246  6e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.69 
 
 
553 aa  246  6e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1201  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.54 
 
 
471 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00993  transcriptional regulator  46.56 
 
 
494 aa  246  8e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.656224  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1320  sigma-54 factor, interaction region  46.5 
 
 
477 aa  246  8e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  43.31 
 
 
453 aa  246  8e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06173  transcriptional regulator  46.56 
 
 
494 aa  246  8e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.97776  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1345  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.66 
 
 
477 aa  245  9e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.75 
 
 
553 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2301  response regulator receiver protein  48.35 
 
 
476 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467931  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.43 
 
 
467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2282  Fis family transcriptional regulator  41.74 
 
 
507 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 
472 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1894  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.35 
 
 
456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.410758  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.28 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.28 
 
 
477 aa  244  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.28 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  44.91 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.28 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  44.79 
 
 
664 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  40.71 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  49.42 
 
 
566 aa  243  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.28 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.28 
 
 
477 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.3 
 
 
477 aa  243  5e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.44 
 
 
464 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0197  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.59 
 
 
1098 aa  243  6e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.793641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>