More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1875 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
434 aa  893    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  53.58 
 
 
438 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  52.76 
 
 
440 aa  462  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.35 
 
 
439 aa  397  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.11 
 
 
466 aa  394  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.69 
 
 
436 aa  388  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  45.43 
 
 
436 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.76 
 
 
467 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.76 
 
 
449 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.51 
 
 
460 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.06 
 
 
441 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  44.37 
 
 
441 aa  380  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.78 
 
 
430 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.74 
 
 
460 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.74 
 
 
460 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  43.71 
 
 
469 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.32 
 
 
430 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.42 
 
 
439 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.84 
 
 
462 aa  375  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.78 
 
 
430 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.54 
 
 
460 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.72 
 
 
451 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  43.4 
 
 
465 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.29 
 
 
434 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.4 
 
 
465 aa  375  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.1 
 
 
469 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.55 
 
 
456 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.69 
 
 
451 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  44.42 
 
 
439 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.69 
 
 
451 aa  367  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.12 
 
 
452 aa  364  2e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  44.19 
 
 
454 aa  361  1e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.59 
 
 
450 aa  359  4e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.99 
 
 
459 aa  359  5e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.22 
 
 
441 aa  358  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.77 
 
 
467 aa  337  2.9999999999999997e-91  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  37.33 
 
 
430 aa  300  3e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  38.6 
 
 
439 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.6 
 
 
439 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1361  Fis family transcriptional regulator  42.57 
 
 
429 aa  258  1e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  43.09 
 
 
533 aa  258  1e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.09 
 
 
448 aa  258  2e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  41.4 
 
 
517 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  44.77 
 
 
491 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
448 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  32.47 
 
 
462 aa  253  3e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.72 
 
 
482 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0831  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.72 
 
 
517 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0724194  normal  0.196373 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.93 
 
 
447 aa  253  5.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.23 
 
 
473 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3878  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
468 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.330744  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.09 
 
 
464 aa  252  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3767  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
468 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.114638  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  40.12 
 
 
448 aa  252  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.41 
 
 
480 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.41 
 
 
480 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0737  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48 
 
 
479 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000126889 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.67 
 
 
446 aa  250  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.92 
 
 
473 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.92 
 
 
473 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.15 
 
 
560 aa  250  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.38 
 
 
491 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  49.79 
 
 
491 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  49.79 
 
 
491 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  37.47 
 
 
767 aa  250  4e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.38 
 
 
491 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.38 
 
 
491 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.78 
 
 
449 aa  249  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.01 
 
 
491 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  41.8 
 
 
539 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  40.38 
 
 
537 aa  249  7e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  40.76 
 
 
455 aa  249  9e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4695  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.01 
 
 
480 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157524 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.36 
 
 
454 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  45.59 
 
 
471 aa  248  2e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.18 
 
 
763 aa  247  3e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4808  two-component response regulator CbrB  48.57 
 
 
478 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069592  hitchhiker  0.0095877 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  40.18 
 
 
576 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.57 
 
 
491 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.16 
 
 
445 aa  247  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.058079 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  40.19 
 
 
549 aa  246  4e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.72 
 
 
477 aa  246  4e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.36 
 
 
544 aa  246  4e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.06 
 
 
470 aa  246  4e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  41.53 
 
 
441 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  41.53 
 
 
441 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  48.58 
 
 
471 aa  246  6.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
463 aa  246  6.999999999999999e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.95 
 
 
442 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.27 
 
 
461 aa  246  6.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  41.21 
 
 
441 aa  246  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1901  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.54 
 
 
473 aa  245  9e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0172472 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  47.35 
 
 
490 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  47.35 
 
 
490 aa  245  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  41.21 
 
 
441 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2160  two component signal transduction response regulator  40.79 
 
 
451 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000278347  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.31 
 
 
756 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2554  type 4 fimbriae expression regulatory protein PilR  40.67 
 
 
452 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.14 
 
 
433 aa  245  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1287  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.87 
 
 
452 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.541874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>