More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_1760 on replicon NC_010508
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.04 
 
 
449 aa  700    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.43 
 
 
460 aa  892    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
460 aa  927    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.87 
 
 
451 aa  712    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  79.96 
 
 
469 aa  726    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  94.19 
 
 
465 aa  868    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.26 
 
 
467 aa  701    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.48 
 
 
460 aa  915    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  89.83 
 
 
462 aa  780    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  93.98 
 
 
465 aa  867    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  98.7 
 
 
460 aa  917    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  69.74 
 
 
456 aa  618  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  68.55 
 
 
436 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  68.1 
 
 
441 aa  587  1e-166  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.18 
 
 
430 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  62.79 
 
 
439 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.18 
 
 
430 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  64.56 
 
 
434 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  62.95 
 
 
430 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  61.64 
 
 
439 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.13 
 
 
466 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.43 
 
 
452 aa  433  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.88 
 
 
441 aa  434  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.23 
 
 
441 aa  425  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  52.52 
 
 
454 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.41 
 
 
450 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.33 
 
 
459 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.38 
 
 
439 aa  418  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.2 
 
 
436 aa  414  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.93 
 
 
467 aa  391  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  46.43 
 
 
469 aa  388  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.8 
 
 
440 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.99 
 
 
451 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.54 
 
 
434 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.99 
 
 
451 aa  375  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  42.69 
 
 
438 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.96 
 
 
439 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.96 
 
 
439 aa  325  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  42.44 
 
 
430 aa  309  6.999999999999999e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.57 
 
 
557 aa  267  2.9999999999999995e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.98 
 
 
462 aa  264  3e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  35.78 
 
 
464 aa  263  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  35.97 
 
 
473 aa  260  3e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 
472 aa  259  9e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.13 
 
 
447 aa  258  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.24 
 
 
447 aa  256  5e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.73 
 
 
553 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.86 
 
 
438 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
473 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  42.68 
 
 
553 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.81 
 
 
553 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.74 
 
 
470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.13 
 
 
471 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.15 
 
 
473 aa  253  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.68 
 
 
553 aa  252  9.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.68 
 
 
553 aa  252  9.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.68 
 
 
553 aa  252  9.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  44.16 
 
 
553 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  44.16 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.16 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.22 
 
 
449 aa  251  2e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
461 aa  250  3e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  42.54 
 
 
463 aa  251  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2510  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.08 
 
 
448 aa  250  4e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3091  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.4 
 
 
456 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.416346  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.91 
 
 
458 aa  249  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.16 
 
 
553 aa  249  9e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.44 
 
 
582 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.41 
 
 
472 aa  248  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  41.53 
 
 
473 aa  248  2e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.22 
 
 
463 aa  248  2e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.54 
 
 
449 aa  248  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  34.14 
 
 
668 aa  248  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2392  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.73 
 
 
458 aa  247  3e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0321511  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.46 
 
 
509 aa  247  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.35 
 
 
459 aa  247  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  49.2 
 
 
509 aa  247  4e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
469 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  42.99 
 
 
466 aa  247  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  43.5 
 
 
342 aa  246  4e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  42.77 
 
 
453 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.43 
 
 
539 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0197  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  52 
 
 
1098 aa  246  4.9999999999999997e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.793641  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.69 
 
 
575 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.46 
 
 
449 aa  246  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  33.62 
 
 
668 aa  246  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  40.29 
 
 
477 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 
551 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  50 
 
 
493 aa  245  9.999999999999999e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  43.2 
 
 
540 aa  245  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.78 
 
 
550 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  39.21 
 
 
494 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.75 
 
 
544 aa  245  9.999999999999999e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4849  NifA subfamily transcriptional regulator  51.64 
 
 
566 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.728864 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0572  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  36.56 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3191  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.93 
 
 
456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>