More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0051 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
430 aa  870    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  99.77 
 
 
430 aa  869    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  90.3 
 
 
434 aa  791    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  74.23 
 
 
439 aa  636    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  94.88 
 
 
430 aa  830    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  73.24 
 
 
439 aa  626  1e-178  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  64.4 
 
 
436 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.07 
 
 
456 aa  550  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  63.57 
 
 
441 aa  541  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.33 
 
 
451 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  62.78 
 
 
465 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.73 
 
 
460 aa  535  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.1 
 
 
469 aa  535  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.12 
 
 
465 aa  534  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.1 
 
 
449 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  62.33 
 
 
467 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.95 
 
 
460 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  63.18 
 
 
460 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.73 
 
 
460 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  61.9 
 
 
462 aa  522  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.35 
 
 
466 aa  450  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.02 
 
 
452 aa  439  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.04 
 
 
441 aa  431  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.85 
 
 
450 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  52.57 
 
 
454 aa  422  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.86 
 
 
459 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.31 
 
 
439 aa  412  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.72 
 
 
441 aa  411  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.86 
 
 
436 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  48.86 
 
 
469 aa  401  9.999999999999999e-111  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  47.39 
 
 
438 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.45 
 
 
440 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.78 
 
 
434 aa  375  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.09 
 
 
451 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.09 
 
 
451 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.53 
 
 
467 aa  373  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.49 
 
 
439 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.49 
 
 
439 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  40.46 
 
 
430 aa  297  3e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.98 
 
 
557 aa  263  6e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.58 
 
 
462 aa  261  1e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.67 
 
 
438 aa  258  1e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.95 
 
 
469 aa  258  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.88 
 
 
433 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.53 
 
 
470 aa  258  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
476 aa  256  7e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.51 
 
 
465 aa  256  8e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.28 
 
 
446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0751  transcriptional regulator  36.82 
 
 
444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.894725  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  46.53 
 
 
439 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.66 
 
 
469 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.66 
 
 
469 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.62 
 
 
474 aa  252  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  44.48 
 
 
451 aa  250  3e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  45.48 
 
 
477 aa  250  3e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
463 aa  249  8e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
473 aa  249  9e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  34.93 
 
 
464 aa  249  9e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.9 
 
 
473 aa  249  9e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.19 
 
 
474 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1361  Fis family transcriptional regulator  41.9 
 
 
429 aa  248  1e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  38.97 
 
 
494 aa  249  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  38.95 
 
 
459 aa  248  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.38 
 
 
464 aa  247  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.57 
 
 
451 aa  248  2e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.667822  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  45.08 
 
 
525 aa  247  3e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1176  hypothetical protein  43.22 
 
 
442 aa  246  4e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1182  hypothetical protein  43.22 
 
 
442 aa  246  4e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2158  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.55 
 
 
453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.59 
 
 
473 aa  246  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.08 
 
 
553 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.95 
 
 
466 aa  245  9.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.81 
 
 
450 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60260  two-component response regulator PilR  42.19 
 
 
445 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000831057 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.36 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.69 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  41.08 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  43.71 
 
 
551 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.69 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.69 
 
 
553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.76 
 
 
553 aa  244  3e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2009  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
463 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3091  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.57 
 
 
456 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.416346  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.84 
 
 
447 aa  242  7e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.52 
 
 
470 aa  242  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.99 
 
 
653 aa  242  7e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
527 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  36.04 
 
 
589 aa  242  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3245  Sigma 54 interacting domain protein  41.82 
 
 
512 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  42.77 
 
 
509 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.38 
 
 
553 aa  242  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1869  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.46 
 
 
464 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.76 
 
 
553 aa  241  2e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.46 
 
 
464 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.611403  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2618  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.69 
 
 
453 aa  241  2e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0737  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.57 
 
 
408 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2519  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.27 
 
 
517 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.431147  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2105  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.44 
 
 
588 aa  241  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00514129  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  40.56 
 
 
463 aa  241  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1798  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.63 
 
 
466 aa  240  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.634231  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>