More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0070 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  90.3 
 
 
430 aa  791    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
434 aa  875    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  90.53 
 
 
430 aa  792    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  90.55 
 
 
430 aa  791    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  74.06 
 
 
439 aa  631  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  74.23 
 
 
439 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.29 
 
 
456 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  65.11 
 
 
436 aa  547  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  63.66 
 
 
441 aa  541  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.47 
 
 
451 aa  535  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  63.17 
 
 
465 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.47 
 
 
469 aa  532  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.01 
 
 
449 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.24 
 
 
467 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.64 
 
 
460 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.66 
 
 
465 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.04 
 
 
460 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  63.57 
 
 
460 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.81 
 
 
460 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  63.27 
 
 
462 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.58 
 
 
466 aa  463  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.02 
 
 
452 aa  432  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  53.97 
 
 
454 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.78 
 
 
450 aa  428  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.57 
 
 
459 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.06 
 
 
441 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.94 
 
 
439 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  48.3 
 
 
469 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.17 
 
 
441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  53.02 
 
 
436 aa  405  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  46.45 
 
 
438 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  46.88 
 
 
440 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.41 
 
 
451 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.41 
 
 
451 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  45.29 
 
 
434 aa  372  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.06 
 
 
467 aa  372  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.82 
 
 
439 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.82 
 
 
439 aa  322  7e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  42 
 
 
430 aa  300  4e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.32 
 
 
557 aa  273  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.01 
 
 
462 aa  268  2e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.68 
 
 
470 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.46 
 
 
438 aa  266  5e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  47.9 
 
 
439 aa  260  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.95 
 
 
469 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2340  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
476 aa  259  9e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.95 
 
 
463 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.51 
 
 
450 aa  257  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0751  transcriptional regulator  36.77 
 
 
444 aa  257  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.894725  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
473 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.34 
 
 
473 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3091  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.29 
 
 
456 aa  256  8e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.416346  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3251  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.69 
 
 
465 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2741  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.62 
 
 
474 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0363909  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1815  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.21 
 
 
433 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.3 
 
 
469 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.3 
 
 
469 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
470 aa  252  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.28 
 
 
446 aa  252  9.000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0879  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.74 
 
 
489 aa  252  9.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.318917 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
473 aa  252  9.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.48 
 
 
451 aa  252  1e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  43.67 
 
 
448 aa  251  2e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.73 
 
 
509 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0282  transcriptional regulator NifA  46.03 
 
 
525 aa  250  3e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.262632  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2100  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.66 
 
 
466 aa  250  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0548  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.23 
 
 
452 aa  250  4e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.902927  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.57 
 
 
474 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3077  sigma54 specific transcriptional regulator  35.91 
 
 
475 aa  249  6e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  38.74 
 
 
527 aa  249  6e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2084  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.55 
 
 
477 aa  249  6e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.327808  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.05 
 
 
453 aa  249  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.4 
 
 
553 aa  249  7e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2825  Fis family transcriptional regulator  36.49 
 
 
589 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.208492  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.4 
 
 
553 aa  249  9e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0670  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 
464 aa  249  9e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
495 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0874  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.56 
 
 
464 aa  249  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.593832  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.04 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  42.04 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  43.32 
 
 
451 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  35.62 
 
 
464 aa  248  2e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.04 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.99 
 
 
449 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  42.25 
 
 
463 aa  247  2e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  41.4 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.04 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  42.81 
 
 
653 aa  247  3e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2555  two-component response regulator PilR  38.37 
 
 
459 aa  247  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.822177  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0098  Fis family transcriptional regulator  44.63 
 
 
510 aa  247  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.72 
 
 
553 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.43 
 
 
509 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0965  two-component response regulator PilR  44.79 
 
 
446 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.25964  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  42.51 
 
 
472 aa  246  6.999999999999999e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0848  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.46 
 
 
437 aa  246  8e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0592297  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1361  Fis family transcriptional regulator  41.27 
 
 
429 aa  245  9e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1176  hypothetical protein  42.27 
 
 
442 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1182  hypothetical protein  42.27 
 
 
442 aa  245  9.999999999999999e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1365  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.6 
 
 
454 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1777  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
465 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>