More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1668 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_1516  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  88.01 
 
 
462 aa  769    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2115  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  79.31 
 
 
467 aa  709    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1760  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  93.98 
 
 
460 aa  857    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2302  sigma-54 dependent transcriptional regulator  79.09 
 
 
449 aa  709    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5042  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  95.05 
 
 
460 aa  887    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2283  sigma-54 dependent transcriptional regulator  78.45 
 
 
451 aa  711    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.884804  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1665  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  98.92 
 
 
465 aa  924    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2171  putative sensory box sigma-54 dependent transcriptional regulator  80.17 
 
 
469 aa  728    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6335  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  93.98 
 
 
460 aa  863    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1668  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
465 aa  936    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.126097  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1744  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  94.19 
 
 
460 aa  865    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0676  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  70.7 
 
 
456 aa  620  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3590  helix-turn-helix, Fis-type  68.55 
 
 
436 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5349  transcriptional regulator  67.34 
 
 
441 aa  577  1.0000000000000001e-163  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.982253  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0051  sigma-54 dependent transcriptional regulator  63.12 
 
 
430 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000634616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0077  helix-turn-helix, Fis-type  62.67 
 
 
439 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0067  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  63.12 
 
 
430 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197727 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0070  putative sigma54 specific transcriptional regulator  63.51 
 
 
434 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.364137  hitchhiker  0.000000158676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0111  sigma-54 dependent transcriptional regulator  61.4 
 
 
439 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0067  putative sigma54 specific transcriptional regulator  63.21 
 
 
430 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.485042  hitchhiker  0.00677229 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2020  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.01 
 
 
466 aa  461  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.29433  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0682  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.1 
 
 
441 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3553  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.91 
 
 
441 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.149056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0682  helix-turn-helix, Fis-type  52.6 
 
 
454 aa  419  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0164  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.84 
 
 
450 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.342124  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2820  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.24 
 
 
452 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.287176  hitchhiker  0.0000171057 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0146  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.96 
 
 
459 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.742059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.79 
 
 
439 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339367  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  54.59 
 
 
436 aa  412  1e-114  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1665  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.89 
 
 
467 aa  390  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0870  putative PAS/PAC sensor protein  46.14 
 
 
469 aa  387  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.252306 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03806  sigma-54 dependent transcriptional regulator  44.97 
 
 
440 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1875  sigma-54 dependent transcriptional regulator  43.4 
 
 
434 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1072  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48 
 
 
451 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0957  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48 
 
 
451 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1976  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  40.8 
 
 
438 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2597  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  42.47 
 
 
439 aa  319  6e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2226  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.47 
 
 
439 aa  319  6e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.676437  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2227  Fis family transcriptional regulator  41.39 
 
 
430 aa  306  7e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.494043  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.74 
 
 
557 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.61 
 
 
462 aa  257  3e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  35.25 
 
 
464 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  35.17 
 
 
473 aa  254  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  41.77 
 
 
553 aa  252  1e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.89 
 
 
447 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0358  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.43 
 
 
446 aa  252  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.29 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.17 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.86 
 
 
540 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.17 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.17 
 
 
553 aa  251  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2958  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.14 
 
 
472 aa  250  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.15472  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  43.17 
 
 
553 aa  250  5e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  42.72 
 
 
553 aa  248  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2887  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.23 
 
 
553 aa  249  1e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.635181  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.72 
 
 
553 aa  248  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.17 
 
 
461 aa  248  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42680  sigma54-dependent response regulator, CbrB  42.43 
 
 
466 aa  248  2e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0732  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.08 
 
 
471 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.121473  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3091  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.65 
 
 
456 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.416346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.25 
 
 
447 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.89 
 
 
539 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.18 
 
 
470 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2848  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.86 
 
 
553 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0615513  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.58 
 
 
473 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.58 
 
 
473 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.34 
 
 
458 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2062  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.65 
 
 
449 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000496565 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  41.69 
 
 
463 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  41.51 
 
 
473 aa  244  3e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.53 
 
 
463 aa  244  3e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.96 
 
 
472 aa  244  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.62 
 
 
449 aa  244  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3191  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.22 
 
 
456 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2549  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.77 
 
 
509 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0908365  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3232  flagellar regulatory protein A  40 
 
 
477 aa  243  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2940  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.27 
 
 
477 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.568996  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.58 
 
 
473 aa  243  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2930  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.27 
 
 
477 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.549756  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1433  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.27 
 
 
477 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  42.61 
 
 
542 aa  243  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.59 
 
 
438 aa  243  6e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3072  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.27 
 
 
477 aa  243  6e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.584098  normal  0.164477 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  49.22 
 
 
493 aa  243  7e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  43.34 
 
 
453 aa  243  7e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2392  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.1 
 
 
458 aa  242  7.999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0321511  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.37 
 
 
582 aa  242  9e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47100  sigma54-dependent activator protein  40.43 
 
 
517 aa  242  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.536607  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  32.89 
 
 
655 aa  242  1e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.02 
 
 
477 aa  241  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.73 
 
 
477 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0526886  normal  0.316977 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2580  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
477 aa  241  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2510  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  39.81 
 
 
448 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.65 
 
 
469 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1614  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.45 
 
 
477 aa  241  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0197  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  50.59 
 
 
1098 aa  241  2e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.793641  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3577  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.12 
 
 
550 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.95 
 
 
575 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  45.13 
 
 
586 aa  240  4e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>