More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_1552 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  61.13 
 
 
604 aa  688    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
525 aa  1050    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  64.63 
 
 
539 aa  664    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  55.83 
 
 
532 aa  576  1.0000000000000001e-163  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  51.52 
 
 
525 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  42.69 
 
 
527 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.29 
 
 
541 aa  382  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.45 
 
 
540 aa  343  4e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  37.67 
 
 
531 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  37.62 
 
 
502 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  37.62 
 
 
502 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  37.02 
 
 
506 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  37.24 
 
 
502 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  37.04 
 
 
502 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  38.1 
 
 
505 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  37.62 
 
 
511 aa  302  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2361  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.43 
 
 
450 aa  301  2e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  37.62 
 
 
511 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0339  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.04 
 
 
459 aa  300  4e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000360791  unclonable  4.1095600000000004e-23 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.03 
 
 
459 aa  300  5e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  39.96 
 
 
639 aa  299  7e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.53 
 
 
463 aa  296  7e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.23 
 
 
585 aa  295  1e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  36.27 
 
 
668 aa  295  1e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.51 
 
 
544 aa  295  1e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.05 
 
 
668 aa  295  2e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.58 
 
 
575 aa  294  3e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.13 
 
 
575 aa  293  4e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0572  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.5 
 
 
459 aa  293  6e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0359  sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.69 
 
 
458 aa  292  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0379318  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0447  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.7 
 
 
438 aa  291  1e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  36.28 
 
 
502 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  33.4 
 
 
532 aa  290  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0346  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.91 
 
 
468 aa  290  3e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.143008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.99 
 
 
582 aa  290  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2835  putative PAS/PAC sensor protein  34.28 
 
 
591 aa  290  6e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000281177  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0456  hypothetical protein  37.97 
 
 
586 aa  289  7e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.91 
 
 
467 aa  289  9e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  35.88 
 
 
520 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  34.22 
 
 
515 aa  289  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 
581 aa  288  2e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  36.08 
 
 
502 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0306  hypothetical protein  39.33 
 
 
582 aa  287  4e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1580  transcriptional regulator  39.43 
 
 
464 aa  286  5.999999999999999e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  40.27 
 
 
671 aa  286  5.999999999999999e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3308  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.51 
 
 
548 aa  286  7e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.18 
 
 
462 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.85 
 
 
515 aa  284  3.0000000000000004e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2683  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.24 
 
 
566 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  37.98 
 
 
662 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  34.99 
 
 
698 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2065  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.77 
 
 
557 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461266  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1492  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.53 
 
 
569 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1516  GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.3 
 
 
643 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.96 
 
 
519 aa  283  6.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.15 
 
 
577 aa  282  9e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2509  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.68 
 
 
696 aa  281  1e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0446  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.75 
 
 
481 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.23 
 
 
462 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  36.9 
 
 
510 aa  281  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 
457 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0417  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.03 
 
 
474 aa  280  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.45134  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  35.31 
 
 
519 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2645  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.93 
 
 
553 aa  280  5e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.643123  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2596  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.05 
 
 
553 aa  280  5e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.491073  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2836  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.93 
 
 
553 aa  280  5e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0181169  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.64 
 
 
703 aa  280  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2842  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.93 
 
 
553 aa  280  5e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000148111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.59 
 
 
453 aa  280  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0445  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.48 
 
 
481 aa  280  6e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.45 
 
 
451 aa  279  8e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.24 
 
 
935 aa  279  8e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.96 
 
 
501 aa  279  8e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.91 
 
 
457 aa  279  8e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  40.36 
 
 
667 aa  279  9e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2445  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.05 
 
 
553 aa  279  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.210628  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.6 
 
 
566 aa  279  1e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2561  sigma-54-dependent transcriptional activator  40.32 
 
 
553 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  34.61 
 
 
517 aa  279  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.89 
 
 
454 aa  278  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0808  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.91 
 
 
591 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000794554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  35.65 
 
 
519 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2865  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.81 
 
 
553 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0882219  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2373  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.81 
 
 
680 aa  278  2e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000104876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2392  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.05 
 
 
652 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.46 
 
 
661 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.98 
 
 
601 aa  277  3e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  35.65 
 
 
519 aa  278  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.12 
 
 
482 aa  277  3e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.69 
 
 
501 aa  278  3e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1635  Fis family transcriptional regulator  45.74 
 
 
576 aa  276  5e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.980236  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.27 
 
 
472 aa  276  5e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2053  transcriptional regulator  37.22 
 
 
696 aa  276  5e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000640776  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3196  Fis family transcriptional regulator  42.2 
 
 
494 aa  276  8e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0750  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.46 
 
 
576 aa  276  8e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  38.42 
 
 
455 aa  276  8e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0585  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.84 
 
 
687 aa  276  8e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2639  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.68 
 
 
553 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.017271  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  36.4 
 
 
696 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.56 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>