More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1222 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1222  hypothetical protein  100 
 
 
447 aa  905    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0015724  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1158  HflK protein  91.95 
 
 
475 aa  791    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1066  HflK protein  91.31 
 
 
477 aa  788    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.544735  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2099  HflK protein  66.06 
 
 
447 aa  578  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2079  HflK  67.79 
 
 
457 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0673  HflK protein  49.6 
 
 
498 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1284  HflK protein  52.55 
 
 
503 aa  451  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1879  HflK protein  49.26 
 
 
471 aa  420  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239775  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1989  hypothetical protein  52.81 
 
 
435 aa  411  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.757808  normal  0.0447269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1097  HflK protein  49.45 
 
 
451 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2978  HflK  52.48 
 
 
436 aa  403  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.750881  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1177  HflK protein  49.45 
 
 
451 aa  402  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.621922 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5012  HflK protein  48.46 
 
 
464 aa  399  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.967957  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1431  HflK protein  50.45 
 
 
471 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.936066 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2601  HflK protein  47.54 
 
 
474 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373557  normal  0.662751 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1413  HflK protein  51.9 
 
 
465 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.843638  hitchhiker  0.0000076277 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1601  FtsH protease activity modulator HflK  49.74 
 
 
460 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.559516  normal  0.13244 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0073  HflK protein  46.06 
 
 
452 aa  388  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.715541  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0445  HflK protein  48.85 
 
 
399 aa  387  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.713082  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2300  HflK protein  49.88 
 
 
464 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194929  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0603  HflK  52.39 
 
 
395 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2534  HflK protein  48.21 
 
 
466 aa  378  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0683686  hitchhiker  0.0000321559 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3383  HflK protein  48.35 
 
 
433 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2194  HflK protein  46.37 
 
 
456 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2861  HflK protein  53.56 
 
 
393 aa  372  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2220  HflK protein  51.16 
 
 
454 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2182  HflK protein  51.16 
 
 
454 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0069  ftsH protease activity modulator HflK  48.34 
 
 
449 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.255254  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2241  ftsH protease activity modulator HflK  52.22 
 
 
445 aa  368  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.753349  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2347  ftsH protease activity modulator HflK  51.17 
 
 
442 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1338  ftsH protease activity modulator HflK  48.32 
 
 
437 aa  362  8e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.123813  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1827  HflK protein  48.32 
 
 
437 aa  362  8e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1099  HflK protein  48.32 
 
 
437 aa  362  8e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1805  HflK protein  48.76 
 
 
462 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.644359  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6274  HflK protein  48.76 
 
 
462 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321519  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1743  HflK protein  49.23 
 
 
453 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5106  membrane protein, HflK  47.1 
 
 
434 aa  346  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167659  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1716  HflK protein  49.22 
 
 
441 aa  343  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40222  normal  0.183963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1829  HflK protein  48.35 
 
 
436 aa  329  8e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51115  normal  0.182699 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1587  HflK protein  45.87 
 
 
391 aa  318  9e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000287062 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1470  HflK protein  47.69 
 
 
446 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.407344  normal  0.172273 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1981  hflK protein  42.28 
 
 
403 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.245892  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0899  HflK protein  44.51 
 
 
393 aa  277  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1090  HflK protein  43.79 
 
 
405 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2588  HflK-like protein  45.53 
 
 
413 aa  271  2.9999999999999997e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0268051  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0664  HflK protein  39.19 
 
 
395 aa  266  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119349  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1942  HflK protein  40.56 
 
 
406 aa  259  7e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2775  HflK protein  39.4 
 
 
407 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2760  hflK protein  38.01 
 
 
395 aa  256  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467094  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0560  HflK protein  38.48 
 
 
379 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000508673  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65280  protease subunit HflK  42.44 
 
 
400 aa  253  7e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5671  protease subunit HflK  42.57 
 
 
399 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0600  HflK protein  36.46 
 
 
381 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0138092  hitchhiker  0.00143389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4940  hflK protein  40 
 
 
395 aa  250  4e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3430  HflK protein  36.2 
 
 
381 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0909026  normal  0.0445873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0487  HflK protein  36.18 
 
 
420 aa  249  6e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00651  HflK complex with HflC  35.07 
 
 
383 aa  249  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.763897  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0537  HflK protein  36.98 
 
 
418 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.141396  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0574  HflK  41.53 
 
 
400 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3708  HflK protein  38.2 
 
 
379 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000788714  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3891  HflK protein  38.2 
 
 
379 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000465537  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3765  HflK protein  38.2 
 
 
379 aa  246  6e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000022736  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00092  serine protease  41.31 
 
 
401 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3980  HflK protein  37.42 
 
 
382 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.758687  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0605  hflK protein  35.19 
 
 
381 aa  244  3e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2665  heat shock protein HslU  39.45 
 
 
386 aa  244  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.288159  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4892  HflK protein  39.34 
 
 
405 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.42676  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4768  HflK protein  40.17 
 
 
393 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002261  HflK protein  38.42 
 
 
401 aa  241  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0330443  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0599  HflK protein  36.2 
 
 
381 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0263631  hitchhiker  0.00000131875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4683  HflK protein  39.5 
 
 
393 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0525  HflK  38.05 
 
 
389 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325556  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0575  HflK protein  37.69 
 
 
459 aa  241  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289879  hitchhiker  0.000000000363385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4944  HflK protein  39.88 
 
 
393 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499727 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2630  HflK protein  39.24 
 
 
414 aa  240  4e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.587706  unclonable  0.00000000000633953 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0494  HflK protein  37.28 
 
 
420 aa  240  4e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0869387  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0637  HflK protein  40.52 
 
 
389 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0128609 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07560  membrane bound protease regulator HflK  41.93 
 
 
351 aa  239  8e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3203  HflK protein  36.99 
 
 
386 aa  239  9e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.143701  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0568  HflK protein  36.29 
 
 
380 aa  238  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0118849  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3278  HflK protein  37.68 
 
 
380 aa  237  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010392  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3309  HflK protein  38.03 
 
 
386 aa  237  3e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0327  HflK protein  34.99 
 
 
382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2011  HflK protein  40.77 
 
 
378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166821  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0579  HflK protein  37.42 
 
 
386 aa  229  5e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3023  hflK protein  34.38 
 
 
377 aa  229  8e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000561401  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1561  HflK protein  39.1 
 
 
397 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.920628  hitchhiker  0.00000000145898 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1886  hflK protein  39.1 
 
 
397 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3538  HflK protein  35.93 
 
 
383 aa  228  2e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0107822  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0799  HflK protein  36.26 
 
 
381 aa  228  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.00931868 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1573  HflK protein  37.98 
 
 
367 aa  228  2e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000427817  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0831  hflK protein  39.46 
 
 
344 aa  226  7e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.604081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1730  HflK protein  42.01 
 
 
389 aa  226  7e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000348315 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3719  FtsH protease regulator HflK  38.48 
 
 
420 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0503077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4168  HflK protein  35.82 
 
 
379 aa  225  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000320742  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0357  FtsH protease regulator HflK  36.06 
 
 
421 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.398708  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3917  FtsH protease regulator HflK  38.48 
 
 
415 aa  224  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.357327  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4005  HflK protein  39.66 
 
 
383 aa  224  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.906349  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0604  HflK protein  42.53 
 
 
368 aa  224  4e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0450848 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2203  HflK  35.82 
 
 
407 aa  222  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>