More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2300 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2300  HflK protein  100 
 
 
464 aa  943    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194929  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2601  HflK protein  74.41 
 
 
474 aa  650    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373557  normal  0.662751 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1879  HflK protein  76.03 
 
 
471 aa  671    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239775  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0073  HflK protein  73.55 
 
 
452 aa  640    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.715541  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1177  HflK protein  72.1 
 
 
451 aa  629  1e-179  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.621922 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1097  HflK protein  72.1 
 
 
451 aa  629  1e-179  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1431  HflK protein  70.13 
 
 
471 aa  619  1e-176  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.936066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5012  HflK protein  70.58 
 
 
464 aa  611  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.967957  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2194  HflK protein  66.74 
 
 
456 aa  577  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1989  hypothetical protein  59.95 
 
 
435 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.757808  normal  0.0447269 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2099  HflK protein  51.72 
 
 
447 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2079  HflK  53.45 
 
 
457 aa  429  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2861  HflK protein  58.69 
 
 
393 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1284  HflK protein  44.75 
 
 
503 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1066  HflK protein  48.72 
 
 
477 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.544735  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1158  HflK protein  48.51 
 
 
475 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1222  hypothetical protein  48.83 
 
 
447 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0015724  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0673  HflK protein  44.96 
 
 
498 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0603  HflK  51.9 
 
 
395 aa  382  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3383  HflK protein  48.67 
 
 
433 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0445  HflK protein  50.25 
 
 
399 aa  385  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.713082  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1601  FtsH protease activity modulator HflK  47.56 
 
 
460 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.559516  normal  0.13244 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1413  HflK protein  45.12 
 
 
465 aa  370  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.843638  hitchhiker  0.0000076277 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2534  HflK protein  47.32 
 
 
466 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0683686  hitchhiker  0.0000321559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2978  HflK  47.84 
 
 
436 aa  360  4e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.750881  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2182  HflK protein  44.23 
 
 
454 aa  341  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2220  HflK protein  44.23 
 
 
454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0069  ftsH protease activity modulator HflK  44.23 
 
 
449 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.255254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2347  ftsH protease activity modulator HflK  44.09 
 
 
442 aa  338  9e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1099  HflK protein  44.09 
 
 
437 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1338  ftsH protease activity modulator HflK  44.09 
 
 
437 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.123813  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1827  HflK protein  44.09 
 
 
437 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2241  ftsH protease activity modulator HflK  43.66 
 
 
445 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.753349  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6274  HflK protein  43.41 
 
 
462 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321519  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1805  HflK protein  43.41 
 
 
462 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.644359  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1716  HflK protein  42.12 
 
 
441 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40222  normal  0.183963 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5106  membrane protein, HflK  43.51 
 
 
434 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167659  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1743  HflK protein  43.98 
 
 
453 aa  329  7e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1587  HflK protein  45.52 
 
 
391 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000287062 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1829  HflK protein  41.11 
 
 
436 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51115  normal  0.182699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1470  HflK protein  42.48 
 
 
446 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.407344  normal  0.172273 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1981  hflK protein  41.1 
 
 
403 aa  278  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.245892  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1090  HflK protein  40 
 
 
405 aa  278  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0899  HflK protein  40 
 
 
393 aa  270  5e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2588  HflK-like protein  41.16 
 
 
413 aa  268  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0268051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0560  HflK protein  36.63 
 
 
379 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000508673  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2775  HflK protein  40.23 
 
 
407 aa  259  7e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65280  protease subunit HflK  40.17 
 
 
400 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1942  HflK protein  38.19 
 
 
406 aa  258  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5671  protease subunit HflK  40.4 
 
 
399 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0525  HflK  38.02 
 
 
389 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325556  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4940  hflK protein  37.96 
 
 
395 aa  256  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2665  heat shock protein HslU  39.64 
 
 
386 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.288159  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0574  HflK  38.16 
 
 
400 aa  256  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4683  HflK protein  38.67 
 
 
393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4892  HflK protein  38.8 
 
 
405 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.42676  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4768  HflK protein  38.8 
 
 
393 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0637  HflK protein  40.4 
 
 
389 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0128609 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3708  HflK protein  35.82 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000788714  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3765  HflK protein  35.82 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000022736  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3891  HflK protein  35.82 
 
 
379 aa  252  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000465537  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0600  HflK protein  36.39 
 
 
381 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0138092  hitchhiker  0.00143389 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3430  HflK protein  36.39 
 
 
381 aa  251  2e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0909026  normal  0.0445873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0327  HflK protein  36.81 
 
 
382 aa  250  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0664  HflK protein  36.62 
 
 
395 aa  248  1e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119349  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4944  HflK protein  39.48 
 
 
393 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499727 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2760  hflK protein  40 
 
 
395 aa  247  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467094  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0494  HflK protein  37.25 
 
 
420 aa  246  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0869387  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002261  HflK protein  39.2 
 
 
401 aa  246  8e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0330443  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0537  HflK protein  36.46 
 
 
418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.141396  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00092  serine protease  39.84 
 
 
401 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3278  HflK protein  34.99 
 
 
380 aa  242  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010392  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0599  HflK protein  35.04 
 
 
381 aa  241  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0263631  hitchhiker  0.00000131875 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2630  HflK protein  35.23 
 
 
414 aa  239  6.999999999999999e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.587706  unclonable  0.00000000000633953 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0575  HflK protein  35.75 
 
 
459 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289879  hitchhiker  0.000000000363385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0605  hflK protein  33.33 
 
 
381 aa  236  4e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0487  HflK protein  33.41 
 
 
420 aa  237  4e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1573  HflK protein  40.72 
 
 
367 aa  236  5.0000000000000005e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000427817  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07560  membrane bound protease regulator HflK  38.58 
 
 
351 aa  236  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0568  HflK protein  32.42 
 
 
380 aa  232  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0118849  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3309  HflK protein  35.85 
 
 
386 aa  231  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4168  HflK protein  35.16 
 
 
379 aa  230  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000320742  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2203  HflK  38.22 
 
 
407 aa  228  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3023  hflK protein  34.72 
 
 
377 aa  228  3e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000561401  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00651  HflK complex with HflC  34.5 
 
 
383 aa  227  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.763897  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3203  HflK protein  35.34 
 
 
386 aa  228  3e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.143701  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2011  HflK protein  38.39 
 
 
378 aa  225  2e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166821  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0799  HflK protein  34.71 
 
 
381 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.00931868 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3236  HflK protein  33.83 
 
 
390 aa  224  3e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0144208  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0579  HflK protein  33.08 
 
 
386 aa  223  4.9999999999999996e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0831  hflK protein  38.64 
 
 
344 aa  223  6e-57  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.604081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3538  HflK protein  33.5 
 
 
383 aa  223  6e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0107822  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3980  HflK protein  36.03 
 
 
382 aa  222  9e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.758687  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0263  HflK protein  40.95 
 
 
360 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3719  FtsH protease regulator HflK  35.65 
 
 
420 aa  216  7e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0503077  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1664  HflK protein  37.24 
 
 
385 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1089  HflK protein  39.3 
 
 
386 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0604271 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3917  FtsH protease regulator HflK  35.65 
 
 
415 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.357327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0433  FtsH protease regulator HflK  37.16 
 
 
419 aa  214  2.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0562883  unclonable  0.0000000348967 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1886  hflK protein  38.21 
 
 
397 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>