More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1066 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1222  hypothetical protein  91.31 
 
 
447 aa  778    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0015724  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1158  HflK protein  98.32 
 
 
475 aa  904    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1066  HflK protein  100 
 
 
477 aa  964    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.544735  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2079  HflK  67.09 
 
 
457 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2099  HflK protein  66.89 
 
 
447 aa  581  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0673  HflK protein  50.9 
 
 
498 aa  451  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1284  HflK protein  53.62 
 
 
503 aa  442  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1879  HflK protein  47.47 
 
 
471 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.239775  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1989  hypothetical protein  52.45 
 
 
435 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.757808  normal  0.0447269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1097  HflK protein  48.25 
 
 
451 aa  397  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2601  HflK protein  47.22 
 
 
474 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373557  normal  0.662751 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1413  HflK protein  51.78 
 
 
465 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.843638  hitchhiker  0.0000076277 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1177  HflK protein  48.25 
 
 
451 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.621922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1431  HflK protein  49.55 
 
 
471 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.936066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5012  HflK protein  48.9 
 
 
464 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.967957  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2978  HflK  51.45 
 
 
436 aa  389  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.750881  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0445  HflK protein  49.89 
 
 
399 aa  389  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.713082  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1601  FtsH protease activity modulator HflK  50.38 
 
 
460 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.559516  normal  0.13244 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0073  HflK protein  45.61 
 
 
452 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.715541  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0603  HflK  52.38 
 
 
395 aa  375  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2534  HflK protein  48.48 
 
 
466 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0683686  hitchhiker  0.0000321559 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3383  HflK protein  47.35 
 
 
433 aa  375  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2300  HflK protein  49.88 
 
 
464 aa  378  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2220  HflK protein  51.15 
 
 
454 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2241  ftsH protease activity modulator HflK  52.58 
 
 
445 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.753349  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2194  HflK protein  46.25 
 
 
456 aa  375  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0069  ftsH protease activity modulator HflK  49.02 
 
 
449 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.255254  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2182  HflK protein  51.15 
 
 
454 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1099  HflK protein  49.67 
 
 
437 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1338  ftsH protease activity modulator HflK  49.67 
 
 
437 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.123813  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2347  ftsH protease activity modulator HflK  51.94 
 
 
442 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2861  HflK protein  53.47 
 
 
393 aa  368  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1827  HflK protein  49.67 
 
 
437 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1805  HflK protein  48.72 
 
 
462 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.644359  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6274  HflK protein  48.72 
 
 
462 aa  351  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321519  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1743  HflK protein  48.34 
 
 
453 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5106  membrane protein, HflK  48 
 
 
434 aa  346  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.167659  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1716  HflK protein  48.31 
 
 
441 aa  341  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.40222  normal  0.183963 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1829  HflK protein  48.7 
 
 
436 aa  326  7e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51115  normal  0.182699 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1470  HflK protein  46.8 
 
 
446 aa  318  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.407344  normal  0.172273 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1587  HflK protein  43.61 
 
 
391 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000287062 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0899  HflK protein  42.74 
 
 
393 aa  277  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0975444  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1981  hflK protein  42.61 
 
 
403 aa  270  4e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.245892  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2588  HflK-like protein  43.08 
 
 
413 aa  270  4e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0268051  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0664  HflK protein  39.19 
 
 
395 aa  264  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119349  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1090  HflK protein  40 
 
 
405 aa  265  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2760  hflK protein  38.52 
 
 
395 aa  258  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.467094  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2775  HflK protein  37.76 
 
 
407 aa  258  2e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.631508  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1942  HflK protein  40.83 
 
 
406 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0494  HflK protein  37.16 
 
 
420 aa  251  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0869387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5671  protease subunit HflK  39.47 
 
 
399 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00092  serine protease  38.21 
 
 
401 aa  247  4e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0487  HflK protein  35.02 
 
 
420 aa  247  4e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4940  hflK protein  39.6 
 
 
395 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002261  HflK protein  37.63 
 
 
401 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0330443  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65280  protease subunit HflK  39.11 
 
 
400 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0537  HflK protein  34.73 
 
 
418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.141396  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0575  HflK protein  37.85 
 
 
459 aa  241  2.9999999999999997e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.289879  hitchhiker  0.000000000363385 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0574  HflK  39.1 
 
 
400 aa  240  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.872643 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4683  HflK protein  38.69 
 
 
393 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0560  HflK protein  36.53 
 
 
379 aa  240  5e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000508673  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4892  HflK protein  40.06 
 
 
405 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.42676  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4768  HflK protein  40.06 
 
 
393 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3980  HflK protein  37.06 
 
 
382 aa  238  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.758687  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00651  HflK complex with HflC  34 
 
 
383 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.763897  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4944  HflK protein  40.76 
 
 
393 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00499727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0525  HflK  36.85 
 
 
389 aa  236  8e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325556  normal  0.48129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0600  HflK protein  35.26 
 
 
381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0138092  hitchhiker  0.00143389 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07560  membrane bound protease regulator HflK  39.49 
 
 
351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0637  HflK protein  39.53 
 
 
389 aa  234  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0128609 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3430  HflK protein  35.01 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0909026  normal  0.0445873 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2011  HflK protein  39.63 
 
 
378 aa  233  5e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.166821  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3203  HflK protein  35.39 
 
 
386 aa  233  5e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.143701  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3765  HflK protein  36.53 
 
 
379 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000022736  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3708  HflK protein  36.53 
 
 
379 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000788714  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3891  HflK protein  36.53 
 
 
379 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000465537  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3309  HflK protein  35.24 
 
 
386 aa  229  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0605  hflK protein  33.42 
 
 
381 aa  229  8e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2665  heat shock protein HslU  38.66 
 
 
386 aa  229  8e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.288159  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1561  HflK protein  39.39 
 
 
397 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.920628  hitchhiker  0.00000000145898 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1886  hflK protein  39.39 
 
 
397 aa  228  1e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2630  HflK protein  37.21 
 
 
414 aa  228  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.587706  unclonable  0.00000000000633953 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1730  HflK protein  41.82 
 
 
389 aa  227  4e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000348315 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0568  HflK protein  35.7 
 
 
380 aa  226  6e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0118849  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3719  FtsH protease regulator HflK  36.36 
 
 
420 aa  224  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0503077  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0599  HflK protein  36.22 
 
 
381 aa  223  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0263631  hitchhiker  0.00000131875 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3917  FtsH protease regulator HflK  36.19 
 
 
415 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.357327  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3278  HflK protein  34.88 
 
 
380 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010392  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0579  HflK protein  36.24 
 
 
386 aa  223  6e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0831  hflK protein  39.12 
 
 
344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.604081  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4724  FtsH protease regulator HflK  36.31 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4781  FtsH protease regulator HflK  36.31 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.932984  normal  0.393456 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1749  HflK protein  37.83 
 
 
376 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.254466  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4631  FtsH protease regulator HflK  36.31 
 
 
419 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.130009  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0604  HflK protein  41.78 
 
 
368 aa  220  3e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0450848 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4641  FtsH protease regulator HflK  36 
 
 
419 aa  220  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.641221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0357  FtsH protease regulator HflK  34.99 
 
 
421 aa  220  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.398708  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4732  FtsH protease regulator HflK  38.3 
 
 
419 aa  220  6e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.938149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5690  FtsH protease regulator HflK  38.3 
 
 
419 aa  220  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.440871  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3839  FtsH protease regulator HflK  38.3 
 
 
419 aa  220  6e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.910091  hitchhiker  0.000000232279 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>