43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3518 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3518  peptidase A24A, prepilin type IV  100 
 
 		 174 aa  337  4e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3711  peptidase A24A, prepilin type IV  79.89 
 
 		 174 aa  271  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0303  peptidase A24A, prepilin type IV  81.87 
 
 		 174 aa  267  7e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4198  peptidase A24A prepilin type IV  82.46 
 
 		 174 aa  261  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.625341  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7029  putative type IV prepilin peptidase, cpaA  73.26 
 
 		 174 aa  259  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal  0.765009 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0393  peptidase A24A, prepilin type IV  78.74 
 
 		 174 aa  257  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.559826  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1786  peptidase A24A, prepilin type IV  83.14 
 
 		 173 aa  254  4e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.325157 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2406  peptidase A24A prepilin type IV  54.67 
 
 		 172 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2825  peptidase A24A prepilin type IV  53.5 
 
 		 168 aa  143  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567031  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2478  peptidase A24A prepilin type IV  48.75 
 
 		 169 aa  136  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0231  peptidase A24A prepilin type IV  51.45 
 
 		 187 aa  134  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2386  peptidase A24A prepilin type IV  54.11 
 
 		 168 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0160164  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3494  peptidase A24A prepilin type IV  57.5 
 
 		 187 aa  134  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.139085 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2701  peptidase A24A prepilin type IV  53.69 
 
 		 165 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2561  peptidase A24A prepilin type IV  51.97 
 
 		 168 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4094  peptidase A24A, prepilin type IV  51.27 
 
 		 173 aa  125  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5127  peptidase A24A prepilin type IV  46.15 
 
 		 170 aa  120  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0993185 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3350  peptidase A24A prepilin type IV  42.95 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0610  peptidase A24A, prepilin type IV  48.37 
 
 		 170 aa  117  6e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.361239  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3791  peptidase A24A prepilin type IV  49.03 
 
 		 171 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4195  peptidase A24A prepilin type IV  44.44 
 
 		 170 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0721  peptidase A24A prepilin type IV  43.05 
 
 		 174 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4186  peptidase A24A prepilin type IV  41.98 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4474  peptidase A24A prepilin type IV  39.75 
 
 		 170 aa  90.9  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.096331  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0221  component of type IV pilus prepilin peptidase protein  40.97 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0417  peptidase A24A, prepilin type IV  37.76 
 
 		 165 aa  77  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4870  peptidase A24A, prepilin type IV  34.31 
 
 		 157 aa  61.2  0.000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3419  peptidase A24A, prepilin type IV  36.88 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2059  peptidase A24A, prepilin type IV  35.26 
 
 		 157 aa  53.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198787  normal  0.158633 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3926  peptidase A24A prepilin type IV  36.88 
 
 		 159 aa  53.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.121154  normal  0.368068 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0893  peptidase A24A prepilin type IV  28.24 
 
 		 183 aa  52  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0129891  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0665  peptidase A24A prepilin type IV  29.49 
 
 		 183 aa  52  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.153139  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0282  peptidase A24A prepilin type IV  29.68 
 
 		 158 aa  51.6  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.087305  normal  0.0323169 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  34.46 
 
 		 151 aa  51.2  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0304  peptidase A24A prepilin type IV  30.29 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2040  peptidase A24A prepilin type IV  31.53 
 
 		 185 aa  48.5  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0329239  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1131  peptidase A24A, prepilin type IV  31.91 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.230695  normal  0.722441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03359  prepilin peptidase CpaA  29.79 
 
 		 147 aa  46.6  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3768  peptidase A24A domain protein  28.48 
 
 		 250 aa  46.2  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.878052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1121  peptidase A24A prepilin type IV  41.05 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283506  normal  0.89566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4443  peptidase A24A prepilin type IV  38.54 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1526  peptidase A24A, prepilin type IV  34.74 
 
 		 157 aa  42.4  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2683  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  33.02 
 
 		 273 aa  41.2  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.670799  normal  0.135282 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>