54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4870 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4870  peptidase A24A, prepilin type IV  100 
 
 		 157 aa  296  6e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1131  peptidase A24A, prepilin type IV  50.35 
 
 		 162 aa  123  7e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.230695  normal  0.722441 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1081  peptidase A24A, prepilin type IV  49.61 
 
 		 166 aa  87  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3518  peptidase A24A, prepilin type IV  34.46 
 
 		 174 aa  61.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0603  type IV prepilin peptidase family protein  33.33 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.258479  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3350  peptidase A24A prepilin type IV  33.57 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4195  peptidase A24A prepilin type IV  31.58 
 
 		 170 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4186  peptidase A24A prepilin type IV  31.29 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2825  peptidase A24A prepilin type IV  33.12 
 
 		 168 aa  58.9  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567031  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0393  peptidase A24A, prepilin type IV  32.65 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.559826  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03359  prepilin peptidase CpaA  36.17 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3711  peptidase A24A, prepilin type IV  30.61 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0282  peptidase A24A prepilin type IV  38.17 
 
 		 158 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.087305  normal  0.0323169 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3926  peptidase A24A prepilin type IV  37.14 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.121154  normal  0.368068 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3419  peptidase A24A, prepilin type IV  36.43 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7029  putative type IV prepilin peptidase, cpaA  29.61 
 
 		 174 aa  54.7  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal  0.765009 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0603  peptidase A24A prepilin type IV  37.4 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0721  peptidase A24A prepilin type IV  31.54 
 
 		 174 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4474  peptidase A24A prepilin type IV  31.97 
 
 		 170 aa  52.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.096331  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1526  peptidase A24A, prepilin type IV  33.58 
 
 		 157 aa  51.6  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0221  component of type IV pilus prepilin peptidase protein  30.49 
 
 		 172 aa  49.3  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3500  peptidase A24A, prepilin type IV  40.83 
 
 		 151 aa  49.7  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.590654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0303  peptidase A24A, prepilin type IV  29.93 
 
 		 174 aa  48.9  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2386  peptidase A24A prepilin type IV  33.78 
 
 		 168 aa  48.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0160164  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0367  type IV leader peptidase  29.2 
 
 		 144 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0321504  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2406  peptidase A24A prepilin type IV  28.21 
 
 		 172 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3485  peptidase A24A prepilin type IV  27.67 
 
 		 162 aa  44.7  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1786  peptidase A24A, prepilin type IV  32.89 
 
 		 173 aa  45.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.325157 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0687  peptidase A24A prepilin type IV  35.44 
 
 		 140 aa  45.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3494  peptidase A24A prepilin type IV  27.7 
 
 		 187 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.139085 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4198  peptidase A24A prepilin type IV  32.47 
 
 		 174 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.625341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  34.48 
 
 		 151 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0893  peptidase A24A prepilin type IV  29.81 
 
 		 183 aa  44.7  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0129891  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0365  peptidase A24A domain protein  39.06 
 
 		 266 aa  44.7  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.449957  normal  0.439628 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0186  type IV pilus prepilin peptidase PilD  39.06 
 
 		 266 aa  44.7  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0986593  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3033  peptidase A24A, prepilin type IV  35.78 
 
 		 167 aa  43.9  0.0008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1819  peptidase A24A prepilin type IV  37.38 
 
 		 218 aa  43.5  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.554319  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1027  peptidase A24A domain-containing protein  28.26 
 
 		 240 aa  43.5  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.773434  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2059  peptidase A24A, prepilin type IV  35.56 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198787  normal  0.158633 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06198  prepilin peptidase CpaA  35.71 
 
 		 112 aa  43.1  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0184  peptidase A24A, prepilin type IV  29.1 
 
 		 166 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0397814  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0333  peptidase A24A, prepilin type IV  32.35 
 
 		 175 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0417  peptidase A24A, prepilin type IV  36.94 
 
 		 165 aa  42  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2545  peptidase, putative  35.29 
 
 		 166 aa  41.6  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.316658  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0200  peptidase A24A prepilin type IV  26.03 
 
 		 166 aa  41.6  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.267087 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1528  hypothetical protein  32.35 
 
 		 184 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.60929  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2701  peptidase A24A prepilin type IV  25.93 
 
 		 165 aa  41.6  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2546  peptidase A24A, prepilin type IV  28.76 
 
 		 192 aa  41.2  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.190975  normal  0.0487377 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2111  peptidase A24A, prepilin type IV  28.03 
 
 		 167 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5501  peptidase A24A, prepilin type IV  30.86 
 
 		 179 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324507  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6787  peptidase A24A, prepilin type IV  30.86 
 
 		 179 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.2471 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2029  peptidase A24A domain-containing protein  28.19 
 
 		 287 aa  40.8  0.008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250506  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2107  prepilin peptidase  28.19 
 
 		 287 aa  40.8  0.008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5127  peptidase A24A prepilin type IV  33.1 
 
 		 170 aa  40.4  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0993185 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>