31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3500 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3500  peptidase A24A, prepilin type IV  100 
 
 		 151 aa  268  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.590654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1131  peptidase A24A, prepilin type IV  42.19 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.230695  normal  0.722441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4870  peptidase A24A, prepilin type IV  44.35 
 
 		 157 aa  63.9  0.0000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03359  prepilin peptidase CpaA  35.88 
 
 		 147 aa  54.7  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0603  type IV prepilin peptidase family protein  32.06 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.258479  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3926  peptidase A24A prepilin type IV  39.44 
 
 		 159 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.121154  normal  0.368068 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3419  peptidase A24A, prepilin type IV  38.03 
 
 		 159 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.58679 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3768  peptidase A24A domain protein  28.79 
 
 		 250 aa  48.1  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.878052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2766  peptidase A24A, prepilin type IV  37.63 
 
 		 163 aa  47.8  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1081  peptidase A24A, prepilin type IV  38.89 
 
 		 166 aa  47.8  0.00006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2059  peptidase A24A, prepilin type IV  35.67 
 
 		 157 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.198787  normal  0.158633 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  35.48 
 
 		 151 aa  45.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4186  peptidase A24A prepilin type IV  33.33 
 
 		 170 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0721  peptidase A24A prepilin type IV  31.85 
 
 		 174 aa  45.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1526  peptidase A24A, prepilin type IV  31.94 
 
 		 157 aa  45.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7029  putative type IV prepilin peptidase, cpaA  31.29 
 
 		 174 aa  44.7  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal  0.765009 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0309  peptidase A24A prepilin type IV  26.77 
 
 		 162 aa  44.7  0.0004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000294051  normal  0.397426 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5318  peptidase A24A prepilin type IV  33.54 
 
 		 178 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.857567  hitchhiker  0.00150352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0687  peptidase A24A prepilin type IV  35 
 
 		 140 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3711  peptidase A24A, prepilin type IV  30.22 
 
 		 174 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2663  peptidase A24A domain protein  32.03 
 
 		 248 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2825  peptidase A24A prepilin type IV  34.39 
 
 		 168 aa  42.4  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4241  prepilin peptidase  28.67 
 
 		 287 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.204549 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4474  peptidase A24A prepilin type IV  31.65 
 
 		 170 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.096331  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0303  peptidase A24A, prepilin type IV  29.66 
 
 		 174 aa  41.6  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2107  prepilin peptidase  29.32 
 
 		 287 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2029  peptidase A24A domain-containing protein  29.32 
 
 		 287 aa  41.2  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.250506  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04888  type IV prepilin peptidase  32.37 
 
 		 287 aa  41.2  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.528237  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0254  type IV prepilin peptidase family protein  42.47 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000335319  hitchhiker  0.00000137879 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0603  peptidase A24A prepilin type IV  32.31 
 
 		 164 aa  40.4  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4612  peptidase A24A prepilin type IV  33.77 
 
 		 178 aa  40  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.386766 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>