39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3350 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3350  peptidase A24A prepilin type IV  100 
 
 		 170 aa  328  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4186  peptidase A24A prepilin type IV  59.01 
 
 		 170 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4474  peptidase A24A prepilin type IV  59.52 
 
 		 170 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.096331  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0221  component of type IV pilus prepilin peptidase protein  53.37 
 
 		 172 aa  175  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4094  peptidase A24A, prepilin type IV  40.35 
 
 		 173 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7029  putative type IV prepilin peptidase, cpaA  43.75 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.406148  normal  0.765009 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3518  peptidase A24A, prepilin type IV  42.95 
 
 		 174 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3711  peptidase A24A, prepilin type IV  43.4 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.134151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4198  peptidase A24A prepilin type IV  46.79 
 
 		 174 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.625341  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0721  peptidase A24A prepilin type IV  39.63 
 
 		 174 aa  108  3e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0393  peptidase A24A, prepilin type IV  40.48 
 
 		 174 aa  107  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.559826  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1786  peptidase A24A, prepilin type IV  44.59 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.325157 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3494  peptidase A24A prepilin type IV  42.33 
 
 		 187 aa  106  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.139085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2825  peptidase A24A prepilin type IV  40.25 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.567031  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2386  peptidase A24A prepilin type IV  43.4 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0160164  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0303  peptidase A24A, prepilin type IV  37.87 
 
 		 174 aa  102  3e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2701  peptidase A24A prepilin type IV  40.58 
 
 		 165 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.665122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2478  peptidase A24A prepilin type IV  39.87 
 
 		 169 aa  94.7  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2561  peptidase A24A prepilin type IV  39.51 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2406  peptidase A24A prepilin type IV  40 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4195  peptidase A24A prepilin type IV  39.75 
 
 		 170 aa  87.8  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5127  peptidase A24A prepilin type IV  36.43 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0993185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0231  peptidase A24A prepilin type IV  39.29 
 
 		 187 aa  78.2  0.00000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0417  peptidase A24A, prepilin type IV  37.24 
 
 		 165 aa  72.8  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0610  peptidase A24A, prepilin type IV  34.69 
 
 		 170 aa  72.4  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.361239  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3791  peptidase A24A prepilin type IV  31.21 
 
 		 171 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0282  peptidase A24A prepilin type IV  34.42 
 
 		 158 aa  61.6  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.087305  normal  0.0323169 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3004  peptidase A24A prepilin type IV  37.33 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0665  peptidase A24A prepilin type IV  31.06 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.153139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4870  peptidase A24A, prepilin type IV  32.61 
 
 		 157 aa  55.8  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0893  peptidase A24A prepilin type IV  31.06 
 
 		 183 aa  54.7  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0129891  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2040  peptidase A24A prepilin type IV  32.12 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0329239  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3485  peptidase A24A prepilin type IV  29.03 
 
 		 162 aa  52.8  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0304  peptidase A24A prepilin type IV  29.12 
 
 		 186 aa  51.2  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0550  peptidase A24A prepilin type IV  33.58 
 
 		 179 aa  47.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2766  peptidase A24A, prepilin type IV  33.33 
 
 		 163 aa  44.7  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.555394 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0603  type IV prepilin peptidase family protein  32.14 
 
 		 132 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.258479  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3033  peptidase A24A, prepilin type IV  33.02 
 
 		 167 aa  42.7  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2225  type 4 prepilin peptidase 1. Aspartic peptidase. MEROPS family A24A  30.2 
 
 		 288 aa  42.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000075446  normal  0.643146 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>