84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3473 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3473  integrase family protein  100 
 
 		 392 aa  810    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115261 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20500  Phage integrase  68.42 
 
 		 399 aa  576  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  45.5 
 
 		 364 aa  335  1e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2998  hypothetical protein  43.84 
 
 		 212 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3380  hypothetical protein  72 
 
 		 95 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00978825 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  25.48 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  28.3 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  25.54 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  27.33 
 
 		 276 aa  81.6  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  27.61 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  27.61 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  27.61 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  27.61 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  25.38 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  25.38 
 
 		 369 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  23.64 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  24.62 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 367 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  25.84 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  22.55 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  23.7 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  31.9 
 
 		 159 aa  62  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  22.08 
 
 		 387 aa  60.8  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  21.61 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  21.61 
 
 		 387 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  24.67 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.57 
 
 		 402 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  29.65 
 
 		 172 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  23.1 
 
 		 329 aa  53.9  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.34 
 
 		 359 aa  53.1  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  23.29 
 
 		 323 aa  53.5  0.000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  26.67 
 
 		 429 aa  53.1  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  25.94 
 
 		 482 aa  53.1  0.000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  26.85 
 
 		 405 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.87 
 
 		 380 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  28.02 
 
 		 421 aa  52.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  22.25 
 
 		 387 aa  51.6  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  24.31 
 
 		 354 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  24.31 
 
 		 354 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  25.57 
 
 		 420 aa  51.2  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1170  integrase family protein  22 
 
 		 368 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.429636 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  25.62 
 
 		 317 aa  50.4  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.99 
 
 		 404 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  24.82 
 
 		 324 aa  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 365 aa  49.7  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.49 
 
 		 337 aa  49.7  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  28.32 
 
 		 384 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  24.47 
 
 		 366 aa  48.9  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  23.5 
 
 		 398 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  27.78 
 
 		 412 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  27.11 
 
 		 334 aa  48.5  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.85 
 
 		 339 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  23.19 
 
 		 438 aa  47.8  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  25.22 
 
 		 357 aa  47.4  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  24.91 
 
 		 396 aa  47.4  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0194  phage integrase  25 
 
 		 333 aa  46.6  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334318  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  26.49 
 
 		 384 aa  46.6  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  26.95 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  27.8 
 
 		 339 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  28.07 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  27.6 
 
 		 293 aa  45.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  24.21 
 
 		 365 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  22.91 
 
 		 352 aa  45.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0335  phage integrase family protein  24.17 
 
 		 356 aa  45.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.12 
 
 		 293 aa  45.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.31 
 
 		 313 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0795  integrase family protein  23.61 
 
 		 362 aa  44.7  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.475603  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1078  phage integrase family site specific recombinase  34.09 
 
 		 414 aa  44.3  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  25.9 
 
 		 381 aa  44.3  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  22.35 
 
 		 451 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1029  integrase family protein  27.5 
 
 		 657 aa  43.5  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.51 
 
 		 311 aa  43.5  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  27.06 
 
 		 452 aa  43.5  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  22.35 
 
 		 451 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  21.53 
 
 		 434 aa  43.5  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 295 aa  43.5  0.007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  22.35 
 
 		 451 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.51 
 
 		 311 aa  43.1  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2237  site-specific recombinase XerD-like  27.22 
 
 		 225 aa  43.1  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0311543  normal  0.392069 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.88 
 
 		 351 aa  43.1  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  25.9 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  25.9 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  25.12 
 
 		 368 aa  43.1  0.009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  25.5 
 
 		 437 aa  43.1  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>