104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3198 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  100 
 
 		 184 aa  378  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  75.3 
 
 		 182 aa  256  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  34.76 
 
 		 175 aa  98.6  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  33.95 
 
 		 167 aa  99  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  33.95 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.53 
 
 		 174 aa  93.6  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  35.29 
 
 		 177 aa  91.7  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  32.34 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.68 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  30.12 
 
 		 179 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  30.3 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  32.26 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  30.43 
 
 		 166 aa  77  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  31.61 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  31.61 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  31.61 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30 
 
 		 168 aa  75.5  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  30.87 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  30.87 
 
 		 166 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  28.83 
 
 		 170 aa  71.6  0.000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  34.34 
 
 		 175 aa  71.2  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  29.03 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  31.45 
 
 		 170 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  31.71 
 
 		 178 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  26.22 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  27.95 
 
 		 166 aa  70.5  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  27.69 
 
 		 169 aa  68.2  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  25.47 
 
 		 166 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  29.61 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  29.45 
 
 		 173 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  27.95 
 
 		 166 aa  62.8  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 154 aa  62  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  25.85 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  23.53 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  23.53 
 
 		 173 aa  59.3  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.33 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 174 aa  58.2  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  28.47 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.87 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  23.96 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  22.98 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  24.52 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  27.94 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  23.56 
 
 		 177 aa  53.1  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25 
 
 		 188 aa  53.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  28.68 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25.52 
 
 		 170 aa  52.4  0.000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  28.77 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  25.15 
 
 		 161 aa  51.6  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 172 aa  51.2  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  26.62 
 
 		 165 aa  51.2  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  26.92 
 
 		 163 aa  50.8  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 176 aa  50.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  24.41 
 
 		 174 aa  50.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1422  transcription antitermination protein nusG  25.7 
 
 		 185 aa  49.7  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.002098  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  23.75 
 
 		 162 aa  50.1  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 187 aa  50.1  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  23.93 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  25.68 
 
 		 185 aa  49.7  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  24.56 
 
 		 180 aa  48.9  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25 
 
 		 169 aa  48.9  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  24.66 
 
 		 180 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  26.09 
 
 		 168 aa  48.5  0.00005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  23.87 
 
 		 160 aa  48.1  0.00006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  25 
 
 		 196 aa  48.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  23.75 
 
 		 162 aa  48.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  24 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  25.29 
 
 		 178 aa  47.8  0.00009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  22.46 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  22.54 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  23.31 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 207 aa  46.2  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  23.12 
 
 		 162 aa  45.8  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 176 aa  45.4  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  23.33 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  23.33 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  23.33 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  23.33 
 
 		 162 aa  45.1  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  25.48 
 
 		 182 aa  45.1  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  22.28 
 
 		 204 aa  45.1  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  23.33 
 
 		 162 aa  45.1  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  22.41 
 
 		 172 aa  44.7  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  22.73 
 
 		 175 aa  43.9  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  25 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  21.25 
 
 		 162 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  21.25 
 
 		 161 aa  44.3  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  23.84 
 
 		 178 aa  43.9  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6556  NusG antitermination factor  26.63 
 
 		 218 aa  43.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0171458  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  22.16 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1532  NusG antitermination factor  21.59 
 
 		 174 aa  42.7  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4086  NusG antitermination factor  28.03 
 
 		 173 aa  42.4  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.217756  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  26.81 
 
 		 212 aa  42  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>