More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_2265 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  100 
 
 		 175 aa  358  2e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  50.62 
 
 		 177 aa  154  7e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  45.1 
 
 		 167 aa  139  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  45.1 
 
 		 167 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  42.86 
 
 		 174 aa  122  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  36.75 
 
 		 182 aa  112  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  38.12 
 
 		 178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  36.02 
 
 		 174 aa  108  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  30.67 
 
 		 169 aa  106  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  36.2 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  36.2 
 
 		 168 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  41.94 
 
 		 153 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  33.88 
 
 		 182 aa  104  8e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  34.76 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  35.37 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  31.55 
 
 		 179 aa  100  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  33.53 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  33.53 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  34.76 
 
 		 168 aa  99.4  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  34.76 
 
 		 184 aa  99.4  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  33.54 
 
 		 166 aa  98.6  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  32.54 
 
 		 166 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  32.72 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  32.47 
 
 		 170 aa  95.9  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  29.63 
 
 		 162 aa  95.5  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  32.05 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  40 
 
 		 170 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  31.41 
 
 		 162 aa  93.6  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  29.81 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  33.33 
 
 		 167 aa  92  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  37.41 
 
 		 170 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  31.06 
 
 		 162 aa  90.9  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  31.06 
 
 		 161 aa  90.9  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  30.64 
 
 		 179 aa  90.5  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  31.29 
 
 		 162 aa  90.5  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  30.43 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  27.5 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  30.43 
 
 		 162 aa  87.8  6e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  30.06 
 
 		 162 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  30.38 
 
 		 163 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  30.25 
 
 		 166 aa  86.7  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  33.33 
 
 		 175 aa  85.9  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  28.57 
 
 		 166 aa  81.3  0.000000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  27.95 
 
 		 176 aa  76.3  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  29.03 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  31.71 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  27.65 
 
 		 173 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  29.01 
 
 		 168 aa  73.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  29.84 
 
 		 174 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  25.17 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  29.01 
 
 		 194 aa  68.9  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 175 aa  67.8  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 154 aa  67.4  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  25.67 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  25.56 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 207 aa  66.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  24.57 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  25.97 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  24.44 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  24.44 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  26.01 
 
 		 188 aa  65.1  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  24.42 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  24.44 
 
 		 179 aa  64.3  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  25.29 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  24.48 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  26.75 
 
 		 169 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  25.14 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  26.58 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 197 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 185 aa  63.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  26.81 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  25.68 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  25.68 
 
 		 182 aa  62.4  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0202  NusG antitermination factor  24.57 
 
 		 175 aa  62.4  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100106  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 172 aa  62  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01040  NusG antitermination factor  26.16 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.9624500000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  26.09 
 
 		 175 aa  62  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  24.23 
 
 		 266 aa  61.6  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  24.42 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>