More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_2142 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  100 
 
 		 182 aa  376  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  42.33 
 
 		 170 aa  132  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  43.56 
 
 		 170 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  39.66 
 
 		 178 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  33.13 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  38.46 
 
 		 177 aa  114  8.999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  38 
 
 		 166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  39.62 
 
 		 153 aa  111  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  37.75 
 
 		 166 aa  111  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  39.33 
 
 		 163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  37.58 
 
 		 167 aa  107  8.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  36.94 
 
 		 167 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  36.75 
 
 		 175 aa  105  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  38.82 
 
 		 162 aa  104  9e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  37.5 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  34.84 
 
 		 161 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  34.64 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  34.84 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  34.97 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  36.67 
 
 		 162 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  36.84 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  34.97 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.73 
 
 		 174 aa  100  9e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  34.19 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  33.74 
 
 		 162 aa  99.4  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  32.52 
 
 		 170 aa  98.6  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  32.69 
 
 		 165 aa  98.2  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  29.71 
 
 		 179 aa  94.4  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  30.54 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  35.29 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 166 aa  91.7  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  32.93 
 
 		 175 aa  90.5  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  31.9 
 
 		 167 aa  90.1  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  31.06 
 
 		 173 aa  89.4  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.78 
 
 		 168 aa  87.4  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.78 
 
 		 168 aa  87.4  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  27.16 
 
 		 168 aa  85.9  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  27.78 
 
 		 166 aa  85.5  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  27.16 
 
 		 168 aa  85.5  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  26.54 
 
 		 166 aa  85.1  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  26.54 
 
 		 166 aa  85.1  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  26.54 
 
 		 168 aa  85.1  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  33.54 
 
 		 174 aa  85.1  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  26.28 
 
 		 166 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  32.48 
 
 		 173 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  26.22 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  32.58 
 
 		 159 aa  65.5  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2954  NusG antitermination factor  24.74 
 
 		 198 aa  64.3  0.0000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000249386  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 188 aa  62  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  23.12 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 189 aa  61.6  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  24.75 
 
 		 250 aa  60.8  0.000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  24.18 
 
 		 238 aa  60.5  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  22.41 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  22.5 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  24.6 
 
 		 243 aa  60.1  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  26.01 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  24.65 
 
 		 194 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  22.6 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  22.6 
 
 		 173 aa  58.9  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1322  NusG antitermination factor  23.12 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  25.54 
 
 		 183 aa  58.5  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 273 aa  58.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  26.11 
 
 		 180 aa  58.5  0.00000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  22.47 
 
 		 266 aa  58.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  22.99 
 
 		 301 aa  58.2  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 280 aa  57.8  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  23.24 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  25.17 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  23.2 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  23.7 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  23.12 
 
 		 190 aa  57  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  23.2 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  56.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  24.59 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  24.72 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>