172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3033 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  100 
 
 		 179 aa  366  1e-101  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  58.79 
 
 		 179 aa  218  5e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  55.29 
 
 		 175 aa  194  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  54.29 
 
 		 166 aa  191  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  54.97 
 
 		 168 aa  192  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  53.41 
 
 		 166 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  53.41 
 
 		 166 aa  191  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  52.27 
 
 		 168 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  53.41 
 
 		 168 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  53.41 
 
 		 168 aa  191  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  52.63 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  54.24 
 
 		 173 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  51.46 
 
 		 166 aa  185  3e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  47.75 
 
 		 166 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  46.59 
 
 		 167 aa  166  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  47.98 
 
 		 170 aa  164  5e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 162 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.97 
 
 		 174 aa  96.3  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  31.55 
 
 		 175 aa  95.9  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  95.9  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  33.71 
 
 		 166 aa  94.7  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  29.71 
 
 		 182 aa  94.4  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 163 aa  92.4  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  35.15 
 
 		 162 aa  92  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  31.25 
 
 		 177 aa  91.3  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  32.74 
 
 		 182 aa  90.5  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  33.14 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  32.12 
 
 		 162 aa  89.4  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  32.73 
 
 		 162 aa  88.6  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  30.49 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  30.95 
 
 		 162 aa  88.2  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  30.49 
 
 		 161 aa  88.6  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  32.95 
 
 		 165 aa  86.7  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  29.89 
 
 		 167 aa  86.7  2e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  29.89 
 
 		 167 aa  85.9  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  30.06 
 
 		 162 aa  85.9  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  29.48 
 
 		 178 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  32.34 
 
 		 184 aa  84  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  30.99 
 
 		 165 aa  82  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  29.48 
 
 		 169 aa  81.3  0.000000000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.18 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  28.99 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  27.38 
 
 		 153 aa  75.5  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  24.86 
 
 		 174 aa  73.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  28.24 
 
 		 170 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  28.98 
 
 		 174 aa  67.4  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  28.74 
 
 		 174 aa  64.3  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.04 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  23.56 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 174 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  24.12 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  27.33 
 
 		 159 aa  53.9  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  25.68 
 
 		 160 aa  53.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  27.1 
 
 		 154 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  22.64 
 
 		 169 aa  52.4  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  27.75 
 
 		 182 aa  52  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  25.27 
 
 		 266 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  25 
 
 		 168 aa  51.6  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  22.99 
 
 		 172 aa  50.8  0.000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  28.87 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  24.02 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  26.2 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 243 aa  49.3  0.00003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6268  NusG antitermination factor  24.29 
 
 		 255 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  26.2 
 
 		 181 aa  49.3  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  30.23 
 
 		 161 aa  48.9  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  24.44 
 
 		 194 aa  48.5  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  23.89 
 
 		 194 aa  48.1  0.00006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  20.11 
 
 		 197 aa  48.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  29.7 
 
 		 185 aa  47.8  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  25.53 
 
 		 180 aa  47.8  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  25.67 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  25.67 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  22.29 
 
 		 180 aa  47.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  20.77 
 
 		 171 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  25.53 
 
 		 183 aa  47.4  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 273 aa  47.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 266 aa  46.6  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  24.86 
 
 		 277 aa  47  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  25.67 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  25 
 
 		 183 aa  46.6  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  25.67 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  25.67 
 
 		 181 aa  46.6  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 177 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  25.13 
 
 		 181 aa  45.8  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>