193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2360 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  100 
 
 		 185 aa  385  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  44.59 
 
 		 154 aa  131  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  40.51 
 
 		 161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  39.76 
 
 		 176 aa  118  6e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  37.58 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  36.81 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  34.59 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  34.51 
 
 		 180 aa  92.8  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  34.93 
 
 		 184 aa  92  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  36.51 
 
 		 174 aa  90.9  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  32.88 
 
 		 196 aa  85.5  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  39.33 
 
 		 172 aa  83.6  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  35.17 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  32.06 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  32.84 
 
 		 174 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  30.25 
 
 		 174 aa  73.9  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  31.82 
 
 		 194 aa  70.9  0.000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  28.74 
 
 		 182 aa  68.2  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  31.3 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  33.06 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  27.69 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  34.04 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  28.21 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  28.21 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  28.21 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  29.3 
 
 		 168 aa  61.6  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 176 aa  60.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  30 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  32.98 
 
 		 167 aa  59.3  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  29.75 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  32.99 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  32.67 
 
 		 177 aa  57.8  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 175 aa  58.2  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.48 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  28.48 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  28.48 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6268  NusG antitermination factor  29.2 
 
 		 255 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1572  transcription antitermination protein NusG  29.59 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0207  transcription antitermination protein NusG  28.82 
 
 		 203 aa  53.9  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0563762  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02811  transcription antitermination protein NusG  29.59 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.282538  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  32.99 
 
 		 170 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02231  transcription antitermination protein NusG  28.82 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.534603  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02251  transcription antitermination protein NusG  28.82 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0781907  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2062  transcription antitermination protein NusG  28.3 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2157  transcription antitermination protein NusG  29.41 
 
 		 222 aa  52.8  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.325374  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02231  transcription antitermination protein NusG  28.82 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0245401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02341  transcription antitermination protein NusG  28.49 
 
 		 203 aa  52.8  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.750584  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  29.3 
 
 		 166 aa  52  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2472  transcription antitermination protein NusG  29.41 
 
 		 222 aa  51.6  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.469167  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  28.15 
 
 		 204 aa  51.2  0.000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  27.45 
 
 		 180 aa  51.2  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  24.7 
 
 		 170 aa  51.2  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0263  transcription antitermination protein NusG  28.93 
 
 		 179 aa  51.2  0.000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000027375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  26.14 
 
 		 167 aa  51.2  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  27.59 
 
 		 177 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3558  NusG antitermination factor  27.56 
 
 		 178 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  26.02 
 
 		 163 aa  49.7  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 177 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 177 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  25.68 
 
 		 184 aa  49.7  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  30.07 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  27.87 
 
 		 166 aa  49.7  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  29.27 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  27.46 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  26.8 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  28.67 
 
 		 194 aa  48.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  30.34 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27761  transcription antitermination protein NusG  27.06 
 
 		 241 aa  48.5  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  28.67 
 
 		 194 aa  48.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  26.97 
 
 		 181 aa  47.8  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  26.88 
 
 		 196 aa  47.8  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  29.7 
 
 		 179 aa  47.8  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  34.55 
 
 		 166 aa  47.4  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  33.68 
 
 		 173 aa  47.4  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  26.88 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 243 aa  47  0.0001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  27.27 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1532  NusG antitermination factor  27.15 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000537782  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  27.14 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  30.69 
 
 		 196 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  25.48 
 
 		 176 aa  47  0.0002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 165 aa  46.6  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 		 177 aa  47  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  28.46 
 
 		 166 aa  45.8  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  28.17 
 
 		 197 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  26.76 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 		 177 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 175 aa  45.8  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  28.1 
 
 		 162 aa  45.8  0.0004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  26.76 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  26.25 
 
 		 183 aa  45.4  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 180 aa  45.4  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  27.52 
 
 		 185 aa  45.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  26.76 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  29.66 
 
 		 176 aa  45.8  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  27.17 
 
 		 162 aa  45.4  0.0004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>