More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1699 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  100 
 
 		 212 aa  433  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  71.86 
 
 		 207 aa  304  7e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  37.79 
 
 		 182 aa  102  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  32.53 
 
 		 169 aa  93.2  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  34.15 
 
 		 174 aa  92.4  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  33.33 
 
 		 180 aa  86.3  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  32.2 
 
 		 196 aa  85.1  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 184 aa  85.1  8e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 197 aa  84.3  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  34.12 
 
 		 194 aa  81.6  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  32.28 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 172 aa  80.5  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  26.99 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  30.36 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  29.49 
 
 		 170 aa  68.6  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  21.93 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  26.58 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  27.95 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1512  NusG antitermination factor  24.16 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000324122  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 191 aa  63.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  24.28 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  24.56 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  26.92 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  23.38 
 
 		 201 aa  62  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  26.79 
 
 		 166 aa  62  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  25 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  23.84 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  28.25 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  24.71 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 193 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.86 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  26.97 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  23.6 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1103  NusG antitermination factor  22.54 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00324857  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  25.15 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 191 aa  58.9  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 185 aa  58.9  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  23.64 
 
 		 167 aa  58.5  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  25.29 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  26.9 
 
 		 177 aa  58.9  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  28.09 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  28.09 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3454  NusG antitermination factor  26.82 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000805693  normal  0.0356218 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  29.53 
 
 		 174 aa  57.8  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1953  NusG antitermination factor  22.28 
 
 		 195 aa  57.8  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00519694  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  26.4 
 
 		 179 aa  57.8  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  29.14 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  24.56 
 
 		 177 aa  57  0.0000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 175 aa  57.4  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  29.14 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0467  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 353 aa  57  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000572665  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  22.03 
 
 		 175 aa  56.2  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0352  NusG antitermination factor  24.28 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000459133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1046  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000149181  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  24.56 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 181 aa  55.5  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  25.7 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  24.86 
 
 		 183 aa  55.5  0.0000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0482  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 353 aa  55.1  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000917013  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  26.32 
 
 		 165 aa  55.1  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  24.58 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1362  NusG antitermination factor  25 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0821693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  24.57 
 
 		 177 aa  54.3  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  24.42 
 
 		 182 aa  54.3  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  29.14 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4226  NusG antitermination factor  24.54 
 
 		 164 aa  53.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.841034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 175 aa  53.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1867  transcription antitermination protein  25.68 
 
 		 188 aa  53.9  0.000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000420515  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  24.16 
 
 		 154 aa  53.9  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 176 aa  53.9  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1920  NusG antitermination factor  25 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.549773  hitchhiker  0.00427943 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0193  transcription antitermination protein NusG  25.85 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000930263  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  24.54 
 
 		 170 aa  53.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  29.14 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  25.14 
 
 		 183 aa  52.8  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 181 aa  53.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>