283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_1589 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  100 
 
 		 184 aa  375  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  73.3 
 
 		 197 aa  259  1e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  69.54 
 
 		 196 aa  254  4e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  71.76 
 
 		 180 aa  254  4e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  75.78 
 
 		 170 aa  247  7e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  67.68 
 
 		 172 aa  226  1e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  63.8 
 
 		 169 aa  225  3e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  35.93 
 
 		 176 aa  110  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  32.86 
 
 		 170 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  32.94 
 
 		 168 aa  95.5  4e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.91 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  34.93 
 
 		 185 aa  92  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  31.18 
 
 		 207 aa  90.9  9e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  34.85 
 
 		 160 aa  90.5  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  31.45 
 
 		 161 aa  90.9  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 212 aa  85.1  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 154 aa  84  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  31.29 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  29.01 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  25 
 
 		 174 aa  78.2  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  32.9 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  28.07 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  28.24 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  28.39 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  28.12 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  26.88 
 
 		 168 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.5 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.5 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  25.81 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  28.67 
 
 		 169 aa  66.6  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  24.52 
 
 		 162 aa  66.2  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  24.52 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  24.52 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  24.52 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  29.94 
 
 		 165 aa  65.5  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  24.52 
 
 		 162 aa  65.5  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  25 
 
 		 165 aa  64.7  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  27.22 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  25.19 
 
 		 178 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  27.22 
 
 		 166 aa  64.3  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  28.03 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  28.03 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  27.1 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  29.85 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  25.16 
 
 		 162 aa  62  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  26.29 
 
 		 179 aa  61.6  0.000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  24.68 
 
 		 162 aa  61.2  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  32.33 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  30.38 
 
 		 188 aa  60.8  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  26.29 
 
 		 173 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  26.32 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  23.38 
 
 		 163 aa  59.7  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  28.14 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  25.32 
 
 		 162 aa  58.9  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  28.14 
 
 		 194 aa  58.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  25.64 
 
 		 162 aa  57.8  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  25.17 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  31.43 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  28.47 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  23.43 
 
 		 170 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2041  NusG antitermination factor  30.77 
 
 		 176 aa  57.8  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000215719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  24.07 
 
 		 168 aa  57.8  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  26.11 
 
 		 167 aa  57  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0444  transcription antitermination protein NusG  31.94 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00370515  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  25.32 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  31.91 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  31.91 
 
 		 177 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  34.75 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  34.75 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  31.21 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  31.97 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  30.5 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  22.98 
 
 		 166 aa  54.7  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2182  NusG antitermination factor  29.37 
 
 		 176 aa  54.7  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0729444  normal  0.026966 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  30 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  31.21 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  31.21 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  33.99 
 
 		 183 aa  54.3  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1892  transcription antitermination protein nusG  29.37 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.194693  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1041  NusG antitermination factor  30.38 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.0043552  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2239  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000688878  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  28.06 
 
 		 203 aa  53.1  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 187 aa  53.1  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  21.39 
 
 		 170 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1704  transcription antitermination protein nusG  30.94 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.999252  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 190 aa  52.8  0.000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0348  NusG antitermination factor  30.94 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.789152  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0334  NusG antitermination factor  30.94 
 
 		 177 aa  52.4  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0344546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  30.6 
 
 		 175 aa  52.4  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  30 
 
 		 176 aa  52.4  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>