More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2672 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 166 aa  347  4e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  60.71 
 
 		 170 aa  216  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  56.55 
 
 		 175 aa  202  2e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  57.32 
 
 		 166 aa  197  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  54.39 
 
 		 173 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  54.17 
 
 		 166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  56.1 
 
 		 168 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  56.1 
 
 		 168 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  56.1 
 
 		 168 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  56.33 
 
 		 168 aa  194  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  54.88 
 
 		 168 aa  193  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  53.89 
 
 		 166 aa  193  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  53.89 
 
 		 166 aa  193  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  52.27 
 
 		 179 aa  189  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  53.7 
 
 		 167 aa  185  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  47.75 
 
 		 179 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  38.85 
 
 		 162 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  37.91 
 
 		 162 aa  107  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  38.56 
 
 		 162 aa  105  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  38.56 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  38.56 
 
 		 162 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  38.56 
 
 		 161 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  36.6 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  39.22 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  36.88 
 
 		 165 aa  102  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  35.03 
 
 		 174 aa  101  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  38.41 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  37.11 
 
 		 163 aa  101  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  36.65 
 
 		 166 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  99.4  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  34.57 
 
 		 174 aa  99  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  36.77 
 
 		 162 aa  98.6  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  33.33 
 
 		 175 aa  97.1  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  32.28 
 
 		 170 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  95.9  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  36.6 
 
 		 162 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  34.16 
 
 		 166 aa  95.1  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  32.47 
 
 		 153 aa  92.8  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  35.22 
 
 		 165 aa  92.8  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  31.25 
 
 		 182 aa  91.7  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  31.95 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  32.08 
 
 		 167 aa  89.4  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  31.45 
 
 		 167 aa  87.4  8e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  31.01 
 
 		 170 aa  87.4  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  31.61 
 
 		 168 aa  79  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  31.95 
 
 		 173 aa  77  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  28.48 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  30.38 
 
 		 207 aa  73.6  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  27.54 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 182 aa  70.9  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  27.85 
 
 		 174 aa  68.6  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  26.58 
 
 		 212 aa  65.5  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  25.73 
 
 		 189 aa  64.3  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.14 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 175 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  24.05 
 
 		 174 aa  63.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  22.62 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  24.12 
 
 		 183 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  27.95 
 
 		 184 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  26.38 
 
 		 172 aa  62  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  24.85 
 
 		 197 aa  61.2  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  27.85 
 
 		 170 aa  60.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  23.08 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1450  NusG antitermination factor  23.53 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  23.53 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1013  NusG antitermination factor  22.65 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  28.65 
 
 		 176 aa  58.9  0.00000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  24.29 
 
 		 277 aa  58.2  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  23.73 
 
 		 179 aa  58.2  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  26.76 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1631  NusG antitermination factor  23.39 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3938  transcription termination/antitermination factor NusG  24.29 
 
 		 242 aa  57.8  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  23.73 
 
 		 273 aa  57.8  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0273  NusG antitermination factor  25.15 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000233733  hitchhiker  0.00819689 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  20.59 
 
 		 187 aa  57.4  0.00000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  22.6 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25.16 
 
 		 170 aa  57  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  22.6 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1322  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 173 aa  56.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2786  NusG antitermination factor  26.74 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000144907  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  23.53 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  23.56 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  25.73 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4330  NusG antitermination factor  23.3 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  27.74 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0210  NusG antitermination factor  21.97 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000666853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>