218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_0357 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  100 
 
 		 154 aa  313  6e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  45.7 
 
 		 160 aa  138  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  44.59 
 
 		 185 aa  131  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  41.06 
 
 		 161 aa  127  6e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  36.17 
 
 		 176 aa  95.5  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  32.19 
 
 		 170 aa  91.7  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  34.96 
 
 		 174 aa  91.3  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  31.43 
 
 		 169 aa  90.5  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  30.82 
 
 		 197 aa  90.5  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  32.03 
 
 		 168 aa  85.9  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  28.29 
 
 		 174 aa  85.1  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  32.86 
 
 		 172 aa  84.7  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 196 aa  84.3  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 184 aa  84  6e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  28.67 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  27.97 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  29.17 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  27.08 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  24.83 
 
 		 194 aa  72  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  24.32 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  27.89 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 175 aa  64.3  0.0000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  29.1 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  29.1 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  29.1 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  29.1 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  27.78 
 
 		 170 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  28.36 
 
 		 168 aa  63.5  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  26.87 
 
 		 166 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  27.61 
 
 		 166 aa  62.4  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  23.81 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  25.19 
 
 		 182 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  28.36 
 
 		 166 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  28.36 
 
 		 166 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  28.36 
 
 		 166 aa  60.5  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  28.67 
 
 		 170 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  25.49 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  29.55 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  24.68 
 
 		 167 aa  58.9  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  27.27 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  27.82 
 
 		 170 aa  57.4  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  24.03 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  28.08 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0560  transcription antitermination protein nusG  26.85 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4274  NusG antitermination factor  25.33 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  27.61 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  28.19 
 
 		 179 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  25.17 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  25.56 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  25.76 
 
 		 162 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  24.16 
 
 		 212 aa  53.9  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1704  transcription antitermination protein nusG  26.32 
 
 		 177 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.999252  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  23.61 
 
 		 180 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  24.49 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  24.49 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0334  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 177 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0344546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0348  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 177 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.789152  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2547  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 178 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  24.49 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  24.49 
 
 		 162 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  25.19 
 
 		 173 aa  52.4  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  27.1 
 
 		 179 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  24.81 
 
 		 162 aa  52.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  24.83 
 
 		 175 aa  52.4  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  26.71 
 
 		 189 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  24.24 
 
 		 163 aa  52  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  26.53 
 
 		 178 aa  52  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  26.03 
 
 		 177 aa  51.6  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.32 
 
 		 179 aa  51.2  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  22.54 
 
 		 207 aa  50.8  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  26.9 
 
 		 183 aa  50.4  0.000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 183 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 183 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 183 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 183 aa  50.4  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5952  NusG antitermination factor  21.52 
 
 		 225 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0103264 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 180 aa  49.7  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  25.52 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  25.52 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  26.21 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  25.52 
 
 		 182 aa  49.3  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  31.73 
 
 		 196 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  26.21 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  26.21 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  26.21 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  26.21 
 
 		 183 aa  48.9  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 181 aa  49.3  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0204  NusG antitermination factor  26.71 
 
 		 188 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  26.85 
 
 		 181 aa  48.9  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6556  NusG antitermination factor  20.39 
 
 		 218 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0171458  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0237  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 192 aa  48.9  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.45612  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>